More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4322 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  100 
 
 		 359 aa  732    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  33.99 
 
 		 501 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  34.94 
 
 		 479 aa  207  3e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  38.46 
 
 		 373 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  34.83 
 
 		 480 aa  203  5e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  35.86 
 
 		 349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  33.82 
 
 		 366 aa  193  5e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  34.55 
 
 		 399 aa  191  1e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  32.85 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  35.89 
 
 		 398 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  33.8 
 
 		 358 aa  188  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 		 496 aa  188  2e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  31.41 
 
 		 356 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  31.7 
 
 		 358 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  31.41 
 
 		 357 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  31.7 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  31.93 
 
 		 381 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  31.99 
 
 		 354 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  33.23 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  30.81 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  33.04 
 
 		 333 aa  177  3e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  33.43 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  35.15 
 
 		 335 aa  172  7.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  34.29 
 
 		 391 aa  172  7.999999999999999e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  30.06 
 
 		 349 aa  172  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  31.38 
 
 		 405 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  31.92 
 
 		 389 aa  170  4e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  32.43 
 
 		 342 aa  169  7e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  31.2 
 
 		 414 aa  169  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  32.93 
 
 		 389 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  33.03 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  33.03 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  32.69 
 
 		 390 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  32.33 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  34.57 
 
 		 325 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  33.73 
 
 		 334 aa  166  5e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  31.34 
 
 		 378 aa  166  8e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  31.12 
 
 		 380 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  33.03 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  31.74 
 
 		 356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.09 
 
 		 397 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  31.44 
 
 		 333 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  31.4 
 
 		 358 aa  160  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  29.91 
 
 		 359 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  31.61 
 
 		 418 aa  160  3e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 		 377 aa  159  7e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  31.21 
 
 		 332 aa  159  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  31.41 
 
 		 380 aa  158  1e-37  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  29.68 
 
 		 561 aa  157  3e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  31.58 
 
 		 363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 		 384 aa  156  6e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.18 
 
 		 394 aa  155  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  31.32 
 
 		 394 aa  155  8e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  31.64 
 
 		 395 aa  155  9e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  31.82 
 
 		 393 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  31.53 
 
 		 393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  32.1 
 
 		 410 aa  153  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  29.83 
 
 		 399 aa  152  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  30.54 
 
 		 428 aa  151  1e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  32.41 
 
 		 418 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  29.64 
 
 		 429 aa  150  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  31.34 
 
 		 402 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  31.05 
 
 		 404 aa  150  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  31.83 
 
 		 422 aa  149  9e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  29.95 
 
 		 397 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 		 407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  32.01 
 
 		 406 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  31.9 
 
 		 769 aa  146  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  29.91 
 
 		 379 aa  145  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  31.18 
 
 		 394 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  32.01 
 
 		 406 aa  145  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  29.69 
 
 		 405 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  31.46 
 
 		 393 aa  143  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  30.95 
 
 		 373 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  28.8 
 
 		 397 aa  141  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  31.53 
 
 		 387 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  29.34 
 
 		 380 aa  140  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  30.03 
 
 		 347 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1309  radical SAM family protein  30.4 
 
 		 357 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  29.47 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  29.1 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 		 366 aa  138  1e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  31.04 
 
 		 389 aa  139  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  29.02 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.51 
 
 		 399 aa  137  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 		 364 aa  136  6.0000000000000005e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  28.69 
 
 		 399 aa  135  8e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  30.48 
 
 		 372 aa  135  9e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  29.97 
 
 		 394 aa  135  9e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  31.83 
 
 		 387 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  29.07 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  26.05 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 		 394 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  31.83 
 
 		 387 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  30.41 
 
 		 369 aa  132  6e-30  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  30.42 
 
 		 404 aa  132  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  27.07 
 
 		 375 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  29.38 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.654271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>