More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4323 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  100 
 
 		 373 aa  754    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  36.39 
 
 		 479 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  38.46 
 
 		 359 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  33.43 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  33.71 
 
 		 496 aa  193  5e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  35.04 
 
 		 399 aa  188  2e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  33.03 
 
 		 327 aa  184  3e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  33.05 
 
 		 397 aa  181  1e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  35.61 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  30.92 
 
 		 501 aa  181  2.9999999999999997e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  31.12 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  31.34 
 
 		 347 aa  176  6e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  34.08 
 
 		 398 aa  171  2e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  34.01 
 
 		 380 aa  169  6e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  32.96 
 
 		 399 aa  169  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  32.94 
 
 		 377 aa  169  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  29.17 
 
 		 330 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  31.62 
 
 		 394 aa  166  8e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 		 399 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  33.04 
 
 		 561 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 		 405 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  31.03 
 
 		 480 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  34.03 
 
 		 389 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  34.12 
 
 		 377 aa  164  3e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  30.46 
 
 		 390 aa  163  3e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  32.74 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  32.6 
 
 		 325 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  30.28 
 
 		 333 aa  162  9e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  33.24 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  30.86 
 
 		 393 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  31.49 
 
 		 363 aa  160  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  32.21 
 
 		 402 aa  161  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  30.4 
 
 		 332 aa  160  5e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  31.44 
 
 		 422 aa  160  5e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  30.42 
 
 		 375 aa  159  6e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  30.93 
 
 		 330 aa  159  7e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  30.16 
 
 		 368 aa  159  8e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  29.11 
 
 		 359 aa  159  9e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  29.75 
 
 		 386 aa  159  9e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  34.36 
 
 		 391 aa  158  1e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30.77 
 
 		 366 aa  158  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  32.49 
 
 		 375 aa  158  1e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.2 
 
 		 394 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  32.09 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  28.74 
 
 		 414 aa  158  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  32.65 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  33.23 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1309  radical SAM family protein  30.9 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  28.96 
 
 		 330 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  33.43 
 
 		 387 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  30.2 
 
 		 397 aa  156  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  31.76 
 
 		 769 aa  155  8e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.67 
 
 		 397 aa  155  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  32.1 
 
 		 393 aa  155  8e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  33.64 
 
 		 418 aa  155  1e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 		 358 aa  154  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  32.86 
 
 		 394 aa  154  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 		 369 aa  154  2e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  34.07 
 
 		 387 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  31.22 
 
 		 407 aa  154  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  30.2 
 
 		 393 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  32.63 
 
 		 380 aa  153  5e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  32.27 
 
 		 381 aa  152  8e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.48 
 
 		 399 aa  152  8.999999999999999e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  31.32 
 
 		 353 aa  152  1e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  29.13 
 
 		 394 aa  152  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  28.76 
 
 		 370 aa  152  1e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  32.43 
 
 		 380 aa  151  2e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  29.81 
 
 		 404 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  27.62 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  28.37 
 
 		 377 aa  150  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  29.75 
 
 		 378 aa  150  5e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  30.77 
 
 		 395 aa  149  7e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  30.29 
 
 		 390 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  30.36 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  28.09 
 
 		 377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  30.48 
 
 		 407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  31.82 
 
 		 389 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  28.09 
 
 		 377 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  28.09 
 
 		 378 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  33.14 
 
 		 409 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  31.96 
 
 		 382 aa  145  8.000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  28.44 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  30.48 
 
 		 405 aa  144  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  31.14 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  29.94 
 
 		 399 aa  144  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  29.43 
 
 		 379 aa  143  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  28.53 
 
 		 384 aa  143  6e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 		 372 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  30.24 
 
 		 347 aa  143  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  29.01 
 
 		 410 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  29.91 
 
 		 391 aa  142  7e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  29.5 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  31.68 
 
 		 356 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  34.81 
 
 		 396 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  30.29 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 		 418 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  30.88 
 
 		 367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  29.25 
 
 		 429 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>