More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1448 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 418 aa  861    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  75.06 
 
 		 406 aa  605  9.999999999999999e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  74.81 
 
 		 406 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  64.3 
 
 		 399 aa  539  9.999999999999999e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  65.64 
 
 		 379 aa  526  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  61.03 
 
 		 402 aa  500  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  56.97 
 
 		 404 aa  490  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  58.19 
 
 		 387 aa  471  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  56.01 
 
 		 410 aa  468  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  57.89 
 
 		 387 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  53.9 
 
 		 404 aa  426  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  54.41 
 
 		 407 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.09 
 
 		 387 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  54.84 
 
 		 387 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  46.41 
 
 		 399 aa  330  2e-89  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  43.65 
 
 		 391 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  43.67 
 
 		 396 aa  311  2e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  42.13 
 
 		 390 aa  308  1.0000000000000001e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  44.6 
 
 		 395 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  42.74 
 
 		 394 aa  307  2.0000000000000002e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  44.97 
 
 		 393 aa  307  2.0000000000000002e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  44.04 
 
 		 394 aa  305  9.000000000000001e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  44.1 
 
 		 393 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  44.32 
 
 		 393 aa  304  2.0000000000000002e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  44.23 
 
 		 355 aa  303  5.000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  41.78 
 
 		 394 aa  298  1e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  41.5 
 
 		 394 aa  297  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  43.82 
 
 		 393 aa  296  6e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  42.66 
 
 		 397 aa  292  6e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  41.94 
 
 		 390 aa  292  8e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  44.66 
 
 		 399 aa  291  2e-77  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  41.34 
 
 		 382 aa  288  1e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  43.25 
 
 		 422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  40.71 
 
 		 397 aa  276  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  40.34 
 
 		 407 aa  271  2e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  38.1 
 
 		 405 aa  258  9e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  37.44 
 
 		 373 aa  258  2e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  39.26 
 
 		 415 aa  255  1.0000000000000001e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  38.2 
 
 		 375 aa  254  3e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  39.44 
 
 		 409 aa  251  2e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  36.84 
 
 		 401 aa  243  7e-63  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  39.04 
 
 		 391 aa  237  2e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  38.83 
 
 		 399 aa  231  3e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  36.79 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  31.17 
 
 		 358 aa  213  4.9999999999999996e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  38.51 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  34.26 
 
 		 378 aa  189  5.999999999999999e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  33.43 
 
 		 384 aa  189  1e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  36.8 
 
 		 377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  35.51 
 
 		 389 aa  181  2e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  34.66 
 
 		 380 aa  179  1e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  32.58 
 
 		 366 aa  175  9.999999999999999e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  33.99 
 
 		 380 aa  168  2e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2082  radical SAM family protein  33.03 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.460163 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  30.27 
 
 		 496 aa  161  2e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  31.35 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  31.86 
 
 		 479 aa  159  7e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  30.75 
 
 		 561 aa  159  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  27.76 
 
 		 358 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  32.96 
 
 		 349 aa  158  2e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  27.48 
 
 		 358 aa  156  6e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  29.46 
 
 		 358 aa  156  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  28.37 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30.6 
 
 		 366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  28.57 
 
 		 356 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  28.29 
 
 		 356 aa  150  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 		 480 aa  150  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 		 325 aa  149  9e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  32.17 
 
 		 389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  27.51 
 
 		 414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 		 363 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  31.46 
 
 		 769 aa  146  7.0000000000000006e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  27.07 
 
 		 349 aa  145  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  26.35 
 
 		 357 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  29.49 
 
 		 375 aa  145  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  28.33 
 
 		 358 aa  144  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  29.83 
 
 		 501 aa  142  9.999999999999999e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  32.41 
 
 		 359 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  29.89 
 
 		 373 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  27.3 
 
 		 359 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  30.7 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 		 327 aa  137  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  29.73 
 
 		 444 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 		 405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.75 
 
 		 399 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.85 
 
 		 397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  28.76 
 
 		 386 aa  130  5.0000000000000004e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  28.98 
 
 		 335 aa  130  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  29.54 
 
 		 389 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  28.16 
 
 		 361 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  29.13 
 
 		 356 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  29.46 
 
 		 381 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  28.76 
 
 		 399 aa  125  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  27.98 
 
 		 350 aa  124  4e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 		 389 aa  124  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  28.29 
 
 		 330 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  27.84 
 
 		 332 aa  123  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>