259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2082 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2082  radical SAM family protein  100 
 
 
321 aa  655    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.460163 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  46.46 
 
 
387 aa  261  8.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  45.54 
 
 
387 aa  251  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  34.89 
 
 
399 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  33.02 
 
 
404 aa  182  6e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  32.09 
 
 
379 aa  182  8.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  35.2 
 
 
402 aa  182  8.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  33.85 
 
 
406 aa  180  4e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  33.85 
 
 
406 aa  179  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
418 aa  172  7.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  35.08 
 
 
387 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  28.92 
 
 
410 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  33.85 
 
 
407 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  35.2 
 
 
387 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  31.27 
 
 
404 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  27.63 
 
 
397 aa  130  4.0000000000000003e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  29.81 
 
 
390 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  28.67 
 
 
394 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 
382 aa  124  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  29.9 
 
 
355 aa  124  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  27.46 
 
 
399 aa  119  7e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  31.7 
 
 
401 aa  116  5e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.89 
 
 
394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  27.21 
 
 
394 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 
393 aa  112  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  29.87 
 
 
398 aa  112  7.000000000000001e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 
396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  25.68 
 
 
397 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 
391 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  26.14 
 
 
393 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  26.17 
 
 
399 aa  106  5e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  26.56 
 
 
422 aa  106  6e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  26.97 
 
 
394 aa  105  9e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  26.89 
 
 
393 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  28.71 
 
 
407 aa  104  2e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  24.69 
 
 
373 aa  104  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  26.35 
 
 
415 aa  103  5e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  25.26 
 
 
390 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  26.56 
 
 
393 aa  102  7e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  30.1 
 
 
399 aa  102  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  26.1 
 
 
395 aa  99.4  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  28.52 
 
 
391 aa  97.8  2e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  26.25 
 
 
405 aa  95.1  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  27.51 
 
 
377 aa  94.4  2e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
342 aa  94.7  2e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  28.89 
 
 
389 aa  92.4  9e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  32.58 
 
 
384 aa  91.3  2e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  26.96 
 
 
358 aa  89.7  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  26.28 
 
 
409 aa  89.4  9e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  28.96 
 
 
366 aa  84.7  0.000000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  33.11 
 
 
373 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  22.36 
 
 
375 aa  84  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
380 aa  82.8  0.000000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  24.47 
 
 
377 aa  82.4  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  26.7 
 
 
496 aa  82.4  0.000000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 
380 aa  82  0.00000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  30.21 
 
 
413 aa  80.5  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  26.18 
 
 
330 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.57 
 
 
397 aa  79  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
378 aa  78.6  0.0000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  26.11 
 
 
358 aa  77.8  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.86 
 
 
349 aa  77.8  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.88 
 
 
479 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  23.02 
 
 
359 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  25.91 
 
 
561 aa  75.5  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  22.66 
 
 
414 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  21.99 
 
 
399 aa  74.7  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  26.41 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  32.12 
 
 
332 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  28 
 
 
480 aa  73.2  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  22.3 
 
 
405 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  21.94 
 
 
363 aa  73.2  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  31.43 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  21.91 
 
 
346 aa  67.4  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  26.83 
 
 
347 aa  67  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  26.49 
 
 
367 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0426  Radical SAM domain protein  26.21 
 
 
420 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  26.54 
 
 
347 aa  66.6  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  29.85 
 
 
333 aa  66.2  0.0000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 
325 aa  65.9  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  32.85 
 
 
396 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  30.53 
 
 
491 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  30.52 
 
 
409 aa  64.3  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17970  predicted Fe-S oxidoreductase  31.19 
 
 
356 aa  64.3  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 
330 aa  63.2  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  26.43 
 
 
327 aa  63.2  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  30 
 
 
491 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  29.77 
 
 
491 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  29.77 
 
 
491 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  29.52 
 
 
359 aa  62.8  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  29.77 
 
 
491 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  29.77 
 
 
491 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  29.77 
 
 
491 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  29.77 
 
 
491 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  29.77 
 
 
491 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 
360 aa  61.6  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  22.38 
 
 
769 aa  61.2  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 
429 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0533  radical SAM family protein  29.92 
 
 
510 aa  61.2  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  20.79 
 
 
358 aa  61.2  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>