More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0071 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  100 
 
 
399 aa  830    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  76.25 
 
 
379 aa  624  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  68.58 
 
 
402 aa  584  1.0000000000000001e-165  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  64.3 
 
 
418 aa  539  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  60.66 
 
 
404 aa  530  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  65.13 
 
 
406 aa  527  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  64.87 
 
 
406 aa  525  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  59.38 
 
 
387 aa  485  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  60.21 
 
 
387 aa  487  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  55.44 
 
 
410 aa  470  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  56.09 
 
 
404 aa  462  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  54.8 
 
 
407 aa  438  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  54.59 
 
 
387 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.12 
 
 
387 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  46.07 
 
 
399 aa  342  8e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  44.66 
 
 
391 aa  329  6e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  46.76 
 
 
395 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  44.82 
 
 
396 aa  325  8.000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  45.89 
 
 
393 aa  324  2e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  44.76 
 
 
394 aa  322  5e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  43.47 
 
 
390 aa  322  6e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  44.1 
 
 
390 aa  321  9.999999999999999e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  42.66 
 
 
382 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  43.89 
 
 
393 aa  313  2.9999999999999996e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  45.01 
 
 
355 aa  313  2.9999999999999996e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  42.4 
 
 
394 aa  311  2e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  44.79 
 
 
422 aa  308  6.999999999999999e-83  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  42.82 
 
 
394 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  44.54 
 
 
397 aa  306  4.0000000000000004e-82  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  41.24 
 
 
394 aa  301  9e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  42.33 
 
 
393 aa  300  2e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  42.9 
 
 
393 aa  300  4e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  43.23 
 
 
399 aa  298  9e-80  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  40.85 
 
 
373 aa  298  1e-79  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  40.48 
 
 
375 aa  296  4e-79  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  40.58 
 
 
405 aa  296  5e-79  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  40.91 
 
 
397 aa  295  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  40.33 
 
 
407 aa  288  2e-76  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  40.73 
 
 
409 aa  276  4e-73  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  39.57 
 
 
415 aa  273  3e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  40.11 
 
 
391 aa  254  2.0000000000000002e-66  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  37.91 
 
 
401 aa  252  9.000000000000001e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  35.73 
 
 
358 aa  249  7e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  37.47 
 
 
398 aa  242  1e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  38.14 
 
 
399 aa  238  1e-61  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  37.72 
 
 
342 aa  222  9e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  35.98 
 
 
366 aa  204  2e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  37.43 
 
 
377 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  33.62 
 
 
384 aa  199  1.0000000000000001e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  33.72 
 
 
378 aa  197  3e-49  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  35.96 
 
 
380 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  36.03 
 
 
389 aa  192  1e-47  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  32.6 
 
 
377 aa  189  5.999999999999999e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  34.65 
 
 
380 aa  188  2e-46  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2082  radical SAM family protein  33.96 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.460163 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  32.48 
 
 
561 aa  183  6e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  32.29 
 
 
346 aa  178  2e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  30.19 
 
 
496 aa  177  3e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  30.26 
 
 
356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  33.62 
 
 
349 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  33.89 
 
 
366 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  29.54 
 
 
359 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  30.6 
 
 
358 aa  172  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  29.39 
 
 
358 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
356 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  29.97 
 
 
354 aa  171  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  29.39 
 
 
357 aa  170  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  32.86 
 
 
349 aa  169  7e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  29.11 
 
 
358 aa  169  9e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 
405 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  30.75 
 
 
358 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
414 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  33.14 
 
 
769 aa  166  6.9999999999999995e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  30.4 
 
 
363 aa  162  9e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  33.43 
 
 
479 aa  160  4e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 
501 aa  160  4e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 
480 aa  159  7e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  32.27 
 
 
325 aa  159  1e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.81 
 
 
397 aa  157  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  30.48 
 
 
373 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3125  Radical SAM domain protein  31.55 
 
 
376 aa  150  3e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  28.09 
 
 
399 aa  150  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  30.72 
 
 
330 aa  150  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  30.45 
 
 
389 aa  150  5e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  29.72 
 
 
381 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  29.34 
 
 
381 aa  147  5e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  28.33 
 
 
372 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  30.14 
 
 
330 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  27.86 
 
 
375 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  29.33 
 
 
372 aa  143  5e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  30.35 
 
 
327 aa  143  6e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
382 aa  142  8e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  29.2 
 
 
444 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  28.7 
 
 
330 aa  142  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  27.6 
 
 
386 aa  142  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  27.7 
 
 
378 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  30 
 
 
389 aa  140  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  27.7 
 
 
377 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  28.44 
 
 
356 aa  140  3e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  27.7 
 
 
377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>