More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3261 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  100 
 
 
379 aa  793    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  76.25 
 
 
399 aa  624  1e-177  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  73.88 
 
 
402 aa  605  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  65.64 
 
 
418 aa  526  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  62.76 
 
 
406 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  59.89 
 
 
404 aa  514  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  62.5 
 
 
406 aa  513  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  57.94 
 
 
387 aa  482  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  57.78 
 
 
387 aa  473  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  55.84 
 
 
410 aa  470  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  54.23 
 
 
404 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  52.51 
 
 
387 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  53.3 
 
 
387 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  53 
 
 
407 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  46.2 
 
 
399 aa  341  2e-92  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  45.89 
 
 
394 aa  340  2e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  45.48 
 
 
391 aa  334  1e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  45.76 
 
 
396 aa  330  3e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  43.91 
 
 
382 aa  324  1e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  44.6 
 
 
355 aa  324  1e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  46.02 
 
 
395 aa  322  5e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  45.04 
 
 
393 aa  321  1.9999999999999998e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  43.63 
 
 
390 aa  320  3e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  42.9 
 
 
390 aa  319  6e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  45.2 
 
 
393 aa  317  2e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  45.53 
 
 
397 aa  316  4e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  45.2 
 
 
393 aa  312  5.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  44.57 
 
 
393 aa  311  1e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  43.47 
 
 
394 aa  311  2e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  43.5 
 
 
397 aa  309  5.9999999999999995e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  43.18 
 
 
394 aa  305  9.000000000000001e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  43.06 
 
 
394 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  45.4 
 
 
422 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  41.64 
 
 
405 aa  298  1e-79  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  42.16 
 
 
399 aa  297  2e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  40 
 
 
375 aa  295  7e-79  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  41.81 
 
 
407 aa  292  7e-78  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  38.99 
 
 
373 aa  281  1e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  39.77 
 
 
409 aa  266  4e-70  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  38.8 
 
 
415 aa  263  4e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  37.02 
 
 
401 aa  252  9.000000000000001e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  39.55 
 
 
391 aa  245  9.999999999999999e-64  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
358 aa  234  3e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  37.36 
 
 
399 aa  229  5e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  35 
 
 
398 aa  223  4e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  36.36 
 
 
342 aa  207  2e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  35.69 
 
 
378 aa  207  3e-52  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  36 
 
 
366 aa  204  2e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  34.83 
 
 
384 aa  203  5e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  34.84 
 
 
389 aa  195  1e-48  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  35.59 
 
 
377 aa  193  4e-48  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
380 aa  192  7e-48  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  33.52 
 
 
380 aa  186  5e-46  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  31.15 
 
 
496 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  32.16 
 
 
377 aa  184  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  31.16 
 
 
358 aa  179  8e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  31.16 
 
 
358 aa  178  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  30.95 
 
 
356 aa  176  9e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  30.77 
 
 
561 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  33.99 
 
 
349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  30.73 
 
 
356 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  29.94 
 
 
354 aa  173  5e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2082  radical SAM family protein  31.15 
 
 
321 aa  172  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.460163 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  30.4 
 
 
346 aa  171  2e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
358 aa  169  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  30.03 
 
 
357 aa  169  6e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  30.27 
 
 
358 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 
363 aa  166  5e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  29.51 
 
 
359 aa  166  9e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  28.77 
 
 
349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  32.18 
 
 
366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  33.52 
 
 
769 aa  163  6e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  28.84 
 
 
405 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  29.61 
 
 
414 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  30.41 
 
 
480 aa  157  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.41 
 
 
397 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  31.16 
 
 
479 aa  155  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 
501 aa  155  2e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  28.93 
 
 
381 aa  150  4e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  29.94 
 
 
325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  30.09 
 
 
330 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  29.63 
 
 
327 aa  147  4.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 
399 aa  146  6e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  31.18 
 
 
334 aa  145  8.000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  29.08 
 
 
381 aa  144  2e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  27.58 
 
 
375 aa  144  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  29.43 
 
 
373 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  27.73 
 
 
389 aa  143  6e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 
330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  28.09 
 
 
372 aa  139  7e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  29.91 
 
 
359 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 
375 aa  138  2e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  28.81 
 
 
377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  28.81 
 
 
378 aa  137  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3125  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 
376 aa  137  4e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
386 aa  136  6.0000000000000005e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  37.57 
 
 
413 aa  136  7.000000000000001e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  28.81 
 
 
377 aa  136  8e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  29.26 
 
 
347 aa  135  9e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  28.53 
 
 
377 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>