More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0287 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  100 
 
 
414 aa  863    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  80.27 
 
 
405 aa  620  1e-176  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  81.25 
 
 
359 aa  615  1e-175  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  74.69 
 
 
399 aa  608  1e-173  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  73.12 
 
 
397 aa  589  1e-167  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  69.63 
 
 
363 aa  543  1e-153  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  57.14 
 
 
377 aa  442  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  55.65 
 
 
358 aa  431  1e-119  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  57.06 
 
 
346 aa  412  1e-114  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  52.91 
 
 
349 aa  400  9.999999999999999e-111  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  48.01 
 
 
561 aa  393  1e-108  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  50.24 
 
 
769 aa  390  1e-107  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  43.02 
 
 
366 aa  323  3e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  41.29 
 
 
358 aa  323  3e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  42.75 
 
 
413 aa  323  3e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  41.01 
 
 
358 aa  322  6e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  41.24 
 
 
356 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  40.4 
 
 
358 aa  312  5.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  40.62 
 
 
354 aa  311  2e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  39.83 
 
 
356 aa  310  4e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  39.77 
 
 
357 aa  308  8e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  40.55 
 
 
372 aa  300  3e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  44.81 
 
 
330 aa  299  7e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  39.57 
 
 
377 aa  297  2e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  39.57 
 
 
378 aa  297  3e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  45.45 
 
 
330 aa  296  4e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  39.84 
 
 
377 aa  296  6e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  39.3 
 
 
377 aa  295  1e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  44.21 
 
 
330 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  43.32 
 
 
334 aa  294  2e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  41.85 
 
 
380 aa  286  4e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  39.94 
 
 
375 aa  286  5e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  42.86 
 
 
364 aa  282  7.000000000000001e-75  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  43.53 
 
 
353 aa  281  2e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  43.92 
 
 
335 aa  281  2e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  40.44 
 
 
381 aa  281  2e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  40.46 
 
 
333 aa  280  3e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  38.92 
 
 
347 aa  276  3e-73  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  40.17 
 
 
372 aa  276  6e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  43.2 
 
 
332 aa  273  3e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  40.1 
 
 
389 aa  272  7e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  41.45 
 
 
349 aa  271  1e-71  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  39.18 
 
 
386 aa  270  4e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  38.73 
 
 
394 aa  269  5.9999999999999995e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  40.83 
 
 
327 aa  268  1e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  42.01 
 
 
333 aa  265  1e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  39.48 
 
 
444 aa  265  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  40.36 
 
 
325 aa  264  2e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  38.89 
 
 
342 aa  251  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  37.22 
 
 
378 aa  251  2e-65  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  38.08 
 
 
479 aa  248  1e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3125  Radical SAM domain protein  36.55 
 
 
376 aa  247  3e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  38.52 
 
 
389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  36.49 
 
 
367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  37.81 
 
 
399 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  35.2 
 
 
381 aa  242  7.999999999999999e-63  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1583  radical SAM domain-containing protein  35.73 
 
 
364 aa  241  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  35.7 
 
 
382 aa  241  2e-62  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  36.97 
 
 
367 aa  239  5e-62  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  36.41 
 
 
369 aa  239  1e-61  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  36.24 
 
 
368 aa  237  2e-61  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  35.25 
 
 
356 aa  237  3e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  34.48 
 
 
496 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  36.06 
 
 
350 aa  228  2e-58  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  34.33 
 
 
370 aa  226  4e-58  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  35.64 
 
 
390 aa  223  4e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2740  radical SAM domain-containing protein  37.98 
 
 
392 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.28006 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  35.06 
 
 
399 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  35.24 
 
 
391 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  34.57 
 
 
375 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  33.89 
 
 
501 aa  203  4e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  33.98 
 
 
398 aa  202  8e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  35.38 
 
 
394 aa  202  9.999999999999999e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  34.5 
 
 
377 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  34.25 
 
 
389 aa  196  7e-49  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  32.45 
 
 
393 aa  195  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  29.91 
 
 
418 aa  194  3e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 
480 aa  192  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  31.41 
 
 
397 aa  191  2e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
391 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  31.84 
 
 
394 aa  187  4e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  32.59 
 
 
390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  32.98 
 
 
380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  34.14 
 
 
382 aa  184  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  30.79 
 
 
399 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
396 aa  183  6e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  32.27 
 
 
378 aa  182  1e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  30.45 
 
 
422 aa  182  1e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  30.17 
 
 
399 aa  182  1e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  33.71 
 
 
384 aa  180  4.999999999999999e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  30.46 
 
 
393 aa  179  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  30.96 
 
 
397 aa  178  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  31.87 
 
 
380 aa  177  2e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  30.69 
 
 
393 aa  176  5e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.57 
 
 
394 aa  176  5e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  31.23 
 
 
407 aa  176  6e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  30.68 
 
 
395 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  31.77 
 
 
405 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  31.76 
 
 
394 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  31.92 
 
 
355 aa  171  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>