More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_1906 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
406 aa  844    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  99.75 
 
 
406 aa  842    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  75.06 
 
 
418 aa  605  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  65.13 
 
 
399 aa  527  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  62.76 
 
 
379 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  58.91 
 
 
404 aa  499  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  60.67 
 
 
402 aa  494  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  58.9 
 
 
387 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  60.16 
 
 
387 aa  467  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  53.57 
 
 
410 aa  441  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.09 
 
 
387 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.73 
 
 
387 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  53.2 
 
 
404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  51.79 
 
 
407 aa  404  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  43.85 
 
 
399 aa  325  8.000000000000001e-88  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  44.51 
 
 
393 aa  311  9e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  43.5 
 
 
391 aa  311  1e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  43.42 
 
 
396 aa  311  2e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  43.73 
 
 
393 aa  305  1.0000000000000001e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  42.21 
 
 
394 aa  305  1.0000000000000001e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  41.48 
 
 
390 aa  303  2.0000000000000002e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  42.25 
 
 
394 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  42.41 
 
 
399 aa  300  3e-80  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  43.75 
 
 
355 aa  300  3e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  41.74 
 
 
394 aa  298  1e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  42.66 
 
 
397 aa  297  3e-79  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  42.25 
 
 
395 aa  295  8e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  41.85 
 
 
393 aa  293  3e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  42.02 
 
 
390 aa  290  4e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  41.85 
 
 
393 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  41.05 
 
 
422 aa  287  2e-76  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40 
 
 
394 aa  287  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  41.36 
 
 
382 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  38.01 
 
 
405 aa  278  2e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  39.89 
 
 
407 aa  275  9e-73  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  38.06 
 
 
397 aa  270  4e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  38.22 
 
 
373 aa  268  8.999999999999999e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  36.39 
 
 
375 aa  265  8.999999999999999e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  39.77 
 
 
409 aa  258  2e-67  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  38.08 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  40.17 
 
 
391 aa  239  5.999999999999999e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  36.32 
 
 
415 aa  232  7.000000000000001e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  37.88 
 
 
399 aa  223  6e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  34.96 
 
 
398 aa  218  1e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  35.34 
 
 
380 aa  196  5.000000000000001e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  33.62 
 
 
384 aa  196  5.000000000000001e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  33.52 
 
 
378 aa  194  3e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  31.97 
 
 
366 aa  192  8e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  35.69 
 
 
377 aa  191  1e-47  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  34.29 
 
 
342 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  34.2 
 
 
389 aa  188  1e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  34.1 
 
 
380 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2082  radical SAM family protein  33.54 
 
 
321 aa  173  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.460163 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  28.91 
 
 
496 aa  170  4e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  31.78 
 
 
479 aa  169  8e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  31.11 
 
 
377 aa  166  8e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  33.43 
 
 
349 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 
480 aa  162  8.000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  29.68 
 
 
358 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 
501 aa  161  2e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  30.56 
 
 
358 aa  161  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  31.02 
 
 
561 aa  159  6e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
358 aa  158  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  28.29 
 
 
358 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  29.17 
 
 
349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30.22 
 
 
366 aa  153  5e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  26.93 
 
 
354 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  31.11 
 
 
769 aa  151  2e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  28.61 
 
 
346 aa  149  6e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  28.29 
 
 
356 aa  149  9e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  27.71 
 
 
357 aa  149  9e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  27.38 
 
 
356 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  27.69 
 
 
414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  29.75 
 
 
363 aa  147  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  31.03 
 
 
325 aa  147  3e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 
359 aa  146  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  30.14 
 
 
327 aa  145  9e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  30.23 
 
 
389 aa  143  6e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  32.01 
 
 
359 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  29.72 
 
 
373 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  30.86 
 
 
356 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  30.03 
 
 
381 aa  138  2e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  26.39 
 
 
405 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.49 
 
 
397 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.07 
 
 
399 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 
389 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  30.05 
 
 
399 aa  133  6.999999999999999e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 
444 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  29.43 
 
 
347 aa  130  3e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  28.9 
 
 
332 aa  131  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  28.25 
 
 
367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 
361 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  30.92 
 
 
491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  30.92 
 
 
491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  30.92 
 
 
491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  30.92 
 
 
491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  30.92 
 
 
491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  30.92 
 
 
491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
330 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>