More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2629 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  100 
 
 
399 aa  829    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  68.37 
 
 
391 aa  550  1e-155  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  56.42 
 
 
398 aa  462  1e-129  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  43.33 
 
 
390 aa  313  1.9999999999999998e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  40 
 
 
393 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  38.68 
 
 
395 aa  270  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  42.11 
 
 
342 aa  270  2e-71  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  40.26 
 
 
393 aa  269  5.9999999999999995e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  37.95 
 
 
394 aa  265  1e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  39.33 
 
 
399 aa  263  3e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  38.69 
 
 
422 aa  263  4e-69  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  37.19 
 
 
397 aa  262  6e-69  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  38.54 
 
 
397 aa  261  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  37.4 
 
 
394 aa  261  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  37.34 
 
 
399 aa  260  3e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  38.5 
 
 
380 aa  259  7e-68  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  39.34 
 
 
393 aa  258  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  37.56 
 
 
394 aa  258  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  38.52 
 
 
394 aa  258  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  40.06 
 
 
404 aa  256  4e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  37.66 
 
 
390 aa  256  6e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  39.28 
 
 
407 aa  254  1.0000000000000001e-66  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  37.15 
 
 
391 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  38.85 
 
 
389 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  39.49 
 
 
377 aa  253  3e-66  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  38.79 
 
 
380 aa  253  5.000000000000001e-66  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  41.01 
 
 
396 aa  253  6e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  36.9 
 
 
382 aa  249  4e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  37.15 
 
 
409 aa  249  5e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  37.08 
 
 
405 aa  249  6e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  40.9 
 
 
387 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  38.14 
 
 
415 aa  243  3e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  40.9 
 
 
387 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  37.18 
 
 
378 aa  241  2e-62  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  37.34 
 
 
393 aa  240  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  39.2 
 
 
355 aa  241  2e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  36.5 
 
 
384 aa  240  2.9999999999999997e-62  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  40.23 
 
 
387 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  39.94 
 
 
387 aa  239  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.14 
 
 
399 aa  238  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  38.16 
 
 
404 aa  234  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  38.83 
 
 
418 aa  231  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  37.82 
 
 
330 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  38.72 
 
 
407 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  37.36 
 
 
379 aa  229  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  33.8 
 
 
346 aa  228  1e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  36.07 
 
 
410 aa  227  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  38.38 
 
 
402 aa  227  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  34.96 
 
 
349 aa  226  6e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  35.34 
 
 
479 aa  223  4e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  37.88 
 
 
406 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  36.96 
 
 
363 aa  223  6e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  37.88 
 
 
406 aa  222  9e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  35.34 
 
 
399 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  36.39 
 
 
330 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  35.06 
 
 
414 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  35.34 
 
 
405 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  38.46 
 
 
335 aa  219  5e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  35.53 
 
 
561 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  34.7 
 
 
375 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  37.7 
 
 
349 aa  216  7e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  35.51 
 
 
377 aa  216  7e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  34.77 
 
 
359 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  34.38 
 
 
330 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  36.57 
 
 
332 aa  212  7e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  36.93 
 
 
327 aa  212  7.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  35.8 
 
 
333 aa  211  2e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  37.08 
 
 
401 aa  210  3e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  32.78 
 
 
358 aa  208  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  34.67 
 
 
356 aa  207  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  32.78 
 
 
358 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  36.68 
 
 
333 aa  207  2e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  34.48 
 
 
397 aa  207  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  34.38 
 
 
356 aa  206  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  37.29 
 
 
366 aa  206  7e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  36.29 
 
 
334 aa  206  9e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  35.41 
 
 
358 aa  205  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  34.1 
 
 
354 aa  203  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  33.51 
 
 
366 aa  202  7e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  33.6 
 
 
496 aa  201  9.999999999999999e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  34.97 
 
 
769 aa  200  3.9999999999999996e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  32.95 
 
 
357 aa  199  7e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  35.13 
 
 
373 aa  197  3e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  37.36 
 
 
325 aa  197  3e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  33.08 
 
 
480 aa  196  7e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  34.08 
 
 
501 aa  193  4e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  33.14 
 
 
358 aa  193  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  32.15 
 
 
381 aa  190  4e-47  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  32.79 
 
 
356 aa  188  1e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  35.04 
 
 
373 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  31.39 
 
 
358 aa  184  3e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  34.55 
 
 
359 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  32.97 
 
 
368 aa  176  4e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  32.38 
 
 
347 aa  176  7e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  29.89 
 
 
375 aa  174  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  32.81 
 
 
386 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  34.51 
 
 
381 aa  172  6.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  33.42 
 
 
409 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  32.61 
 
 
389 aa  167  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  31.75 
 
 
380 aa  167  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>