More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0015 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  87.89 
 
 
356 aa  682    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  88.17 
 
 
356 aa  684    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  85.88 
 
 
354 aa  662    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  92.66 
 
 
357 aa  699    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  100 
 
 
358 aa  749    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  99.44 
 
 
358 aa  747    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  81.69 
 
 
358 aa  640    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  67.43 
 
 
366 aa  540  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  48.7 
 
 
349 aa  365  1e-100  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  46.36 
 
 
346 aa  351  1e-95  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  44.8 
 
 
358 aa  338  8e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  44.8 
 
 
377 aa  338  9.999999999999999e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  43.52 
 
 
359 aa  325  5e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  41.01 
 
 
414 aa  322  5e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  42.82 
 
 
561 aa  322  7e-87  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  42.29 
 
 
405 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  41.19 
 
 
363 aa  318  6e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40.97 
 
 
397 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  40.06 
 
 
399 aa  310  2e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  42.82 
 
 
769 aa  300  2e-80  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  36.95 
 
 
413 aa  295  1e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  38.18 
 
 
349 aa  261  1e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  40.53 
 
 
330 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  38.46 
 
 
330 aa  257  3e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  39.82 
 
 
327 aa  256  5e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  36.44 
 
 
372 aa  252  7e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  36.98 
 
 
334 aa  250  3e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  38.94 
 
 
330 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  36.46 
 
 
375 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  35.54 
 
 
381 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  38.46 
 
 
325 aa  242  9e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  38.04 
 
 
333 aa  241  2e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  38.05 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  36.78 
 
 
372 aa  238  1e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  36.57 
 
 
381 aa  238  1e-61  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  36.28 
 
 
333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  34.43 
 
 
377 aa  235  9e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  35.8 
 
 
335 aa  233  5e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  33.88 
 
 
378 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  33.88 
 
 
377 aa  231  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  33.88 
 
 
377 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  34.81 
 
 
356 aa  229  7e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  35.03 
 
 
380 aa  227  3e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  34.58 
 
 
353 aa  219  5e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  32.97 
 
 
386 aa  217  2.9999999999999998e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  36.52 
 
 
364 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  33.14 
 
 
347 aa  214  9.999999999999999e-55  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  34.1 
 
 
479 aa  210  3e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  36.13 
 
 
367 aa  209  4e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  32.78 
 
 
399 aa  208  1e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  29.87 
 
 
399 aa  208  1e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  35.07 
 
 
390 aa  207  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  32.71 
 
 
382 aa  206  4e-52  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  31.43 
 
 
394 aa  205  9e-52  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  34.76 
 
 
391 aa  205  1e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  30.98 
 
 
444 aa  204  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  31.27 
 
 
496 aa  203  4e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  33.43 
 
 
350 aa  202  5e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  32.1 
 
 
389 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  30.79 
 
 
389 aa  199  7e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  32.67 
 
 
397 aa  196  7e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  32.19 
 
 
382 aa  193  4e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.71 
 
 
394 aa  192  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  31.71 
 
 
393 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  30.08 
 
 
378 aa  191  2e-47  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  30.75 
 
 
369 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3125  Radical SAM domain protein  30.66 
 
 
376 aa  189  5e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  30.46 
 
 
367 aa  189  7e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  31.82 
 
 
394 aa  188  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  33.14 
 
 
393 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1583  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 
364 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  31.91 
 
 
394 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  31.4 
 
 
342 aa  186  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  32.19 
 
 
393 aa  186  6e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  31.48 
 
 
391 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  31.36 
 
 
399 aa  183  3e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  32.18 
 
 
390 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2740  radical SAM domain-containing protein  29.71 
 
 
392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.28006 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  31.01 
 
 
398 aa  182  6e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 
418 aa  182  6e-45  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  29.92 
 
 
368 aa  181  1e-44  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  31.18 
 
 
397 aa  181  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  31.44 
 
 
342 aa  181  2e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  30.62 
 
 
399 aa  180  4e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  31.34 
 
 
393 aa  180  4e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  31.16 
 
 
379 aa  179  7e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  29.36 
 
 
394 aa  177  3e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  30.4 
 
 
480 aa  174  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  31.7 
 
 
359 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  31.73 
 
 
396 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  30.55 
 
 
355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  29.91 
 
 
501 aa  173  5e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  31.61 
 
 
405 aa  173  5e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.39 
 
 
399 aa  171  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  27.98 
 
 
370 aa  169  8e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 
395 aa  169  9e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  30 
 
 
422 aa  168  1e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  30.48 
 
 
378 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  29.01 
 
 
407 aa  162  9e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 
404 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>