More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1716 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
378 aa  764    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  82.11 
 
 
369 aa  633  1e-180  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  80.16 
 
 
370 aa  616  1e-175  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  79.62 
 
 
368 aa  605  9.999999999999999e-173  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  57.58 
 
 
350 aa  410  1e-113  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  54.64 
 
 
382 aa  401  9.999999999999999e-111  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  53.89 
 
 
389 aa  395  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  44.54 
 
 
375 aa  315  7e-85  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  41.47 
 
 
386 aa  306  4.0000000000000004e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  42.7 
 
 
367 aa  303  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3125  Radical SAM domain protein  43.65 
 
 
376 aa  302  7.000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1583  radical SAM domain-containing protein  42.7 
 
 
364 aa  301  1e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  42.02 
 
 
381 aa  296  4e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  42.7 
 
 
380 aa  295  9e-79  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  41.21 
 
 
372 aa  291  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  42.48 
 
 
444 aa  290  3e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  42.56 
 
 
389 aa  285  7e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  41.67 
 
 
353 aa  285  1.0000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  38.92 
 
 
377 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  38.92 
 
 
377 aa  283  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  38.44 
 
 
378 aa  281  1e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  38.65 
 
 
377 aa  281  1e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  40.28 
 
 
375 aa  281  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  41.44 
 
 
394 aa  279  6e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  40.38 
 
 
372 aa  277  2e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  41.85 
 
 
399 aa  278  2e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  39.84 
 
 
364 aa  269  5e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  41.5 
 
 
367 aa  268  8.999999999999999e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2740  radical SAM domain-containing protein  43.13 
 
 
392 aa  267  2e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.28006 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.2 
 
 
397 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  37.92 
 
 
405 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  37.92 
 
 
359 aa  252  7e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  37.22 
 
 
414 aa  251  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  38.6 
 
 
342 aa  249  4e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  37.25 
 
 
399 aa  247  2e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  37.43 
 
 
363 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  40 
 
 
347 aa  243  3.9999999999999997e-63  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  35.38 
 
 
346 aa  236  4e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  35.67 
 
 
358 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  35.57 
 
 
349 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  32.98 
 
 
561 aa  220  3e-56  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  35.54 
 
 
377 aa  220  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  33 
 
 
413 aa  215  9e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  34.71 
 
 
769 aa  209  8e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  35.26 
 
 
349 aa  206  7e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  36.75 
 
 
325 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  33.88 
 
 
479 aa  199  7.999999999999999e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  31.48 
 
 
356 aa  195  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  31.2 
 
 
356 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
357 aa  193  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  30.08 
 
 
358 aa  192  6e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  30.08 
 
 
358 aa  191  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  31.92 
 
 
327 aa  189  5e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  31.81 
 
 
501 aa  188  1e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  30.92 
 
 
354 aa  188  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  30.65 
 
 
496 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  31.58 
 
 
366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  30.75 
 
 
358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  32.31 
 
 
330 aa  184  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  31.73 
 
 
381 aa  179  8e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  31.37 
 
 
330 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  32.25 
 
 
390 aa  177  3e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  32.23 
 
 
330 aa  176  5e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  34.51 
 
 
480 aa  176  6e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  31.3 
 
 
356 aa  171  2e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  31.09 
 
 
333 aa  169  7e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  32.24 
 
 
382 aa  169  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  34.59 
 
 
405 aa  167  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  33.88 
 
 
399 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  32.49 
 
 
334 aa  164  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  31.22 
 
 
332 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  31.36 
 
 
335 aa  162  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  32.97 
 
 
394 aa  161  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  32.89 
 
 
407 aa  160  4e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  32.28 
 
 
399 aa  156  4e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  32.01 
 
 
378 aa  154  4e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  30.94 
 
 
391 aa  153  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  32.13 
 
 
384 aa  153  5e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  31.62 
 
 
394 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  32.33 
 
 
380 aa  150  3e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  31.49 
 
 
418 aa  150  3e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  29.75 
 
 
373 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  34.17 
 
 
409 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  31.13 
 
 
396 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  31.02 
 
 
393 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  30.43 
 
 
397 aa  148  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  29.75 
 
 
393 aa  148  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  31.97 
 
 
380 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.47 
 
 
394 aa  146  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  30.69 
 
 
398 aa  145  8.000000000000001e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  30.19 
 
 
393 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  32.69 
 
 
395 aa  143  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  31.59 
 
 
391 aa  143  6e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  30.67 
 
 
399 aa  142  7e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  28.68 
 
 
410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  31.51 
 
 
377 aa  140  3e-32  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  29.25 
 
 
333 aa  139  4.999999999999999e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  28.69 
 
 
397 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  28.88 
 
 
394 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>