More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1148 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  100 
 
 
375 aa  744    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  48.73 
 
 
389 aa  328  8e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  46.56 
 
 
368 aa  318  7e-86  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  44.54 
 
 
378 aa  315  7e-85  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  45.08 
 
 
369 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  45.08 
 
 
370 aa  311  1e-83  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  46.13 
 
 
382 aa  311  2e-83  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  42.13 
 
 
350 aa  292  5e-78  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  45.58 
 
 
381 aa  290  4e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  44.01 
 
 
386 aa  287  2.9999999999999996e-76  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  45.38 
 
 
389 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3125  Radical SAM domain protein  42.58 
 
 
376 aa  264  2e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  44.63 
 
 
399 aa  263  4.999999999999999e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  43.68 
 
 
444 aa  261  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  43.06 
 
 
394 aa  259  7e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  39.89 
 
 
375 aa  256  5e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  41.85 
 
 
353 aa  256  7e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1583  radical SAM domain-containing protein  39.61 
 
 
364 aa  246  4.9999999999999997e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  40.95 
 
 
372 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  38.78 
 
 
367 aa  242  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  38.61 
 
 
372 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2740  radical SAM domain-containing protein  43.92 
 
 
392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.28006 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  35 
 
 
378 aa  240  4e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  35 
 
 
377 aa  239  5e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  41.78 
 
 
364 aa  237  2e-61  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  34.44 
 
 
377 aa  236  4e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  34.72 
 
 
377 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  39.45 
 
 
367 aa  231  1e-59  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  39.45 
 
 
380 aa  231  2e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  34.57 
 
 
414 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  34.04 
 
 
377 aa  206  6e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  33.53 
 
 
342 aa  205  8e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  35.29 
 
 
347 aa  204  2e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  33.24 
 
 
405 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  34.79 
 
 
359 aa  203  5e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  34.35 
 
 
363 aa  200  3e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  33.7 
 
 
399 aa  191  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  34.25 
 
 
397 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  31.46 
 
 
349 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  31.56 
 
 
346 aa  186  6e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  31.45 
 
 
358 aa  182  6e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  32.3 
 
 
325 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  34.08 
 
 
334 aa  169  9e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  29.51 
 
 
561 aa  168  1e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 
394 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  32.71 
 
 
393 aa  166  9e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  32.63 
 
 
479 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  29.24 
 
 
366 aa  164  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 
330 aa  162  7e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  30.14 
 
 
330 aa  162  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  30.59 
 
 
397 aa  161  1e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  33.42 
 
 
394 aa  160  5e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  30.73 
 
 
394 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  32.49 
 
 
373 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  25.82 
 
 
358 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  31.18 
 
 
333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  25.54 
 
 
358 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  32.34 
 
 
769 aa  154  2e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  33.24 
 
 
335 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  31.69 
 
 
349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  30.62 
 
 
332 aa  154  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 
357 aa  153  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  29.44 
 
 
496 aa  153  5.9999999999999996e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  26.63 
 
 
356 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  30.33 
 
 
399 aa  150  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 
358 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  26.36 
 
 
354 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  28.99 
 
 
381 aa  150  3e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 
356 aa  150  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  29.97 
 
 
393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  31.89 
 
 
387 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  32.08 
 
 
382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  30.28 
 
 
399 aa  146  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  29.44 
 
 
393 aa  146  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  31.83 
 
 
330 aa  145  8.000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  35.41 
 
 
355 aa  145  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  30.81 
 
 
395 aa  145  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  30.4 
 
 
327 aa  145  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  31.62 
 
 
390 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  30.35 
 
 
402 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  32.22 
 
 
333 aa  144  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 
501 aa  144  4e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  32.54 
 
 
409 aa  142  7e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  31.12 
 
 
387 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  27.91 
 
 
410 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.12 
 
 
394 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 
404 aa  139  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  32.18 
 
 
387 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  29.29 
 
 
356 aa  139  1e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  27.37 
 
 
379 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  30.79 
 
 
396 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  32.3 
 
 
398 aa  137  4e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  31.55 
 
 
399 aa  136  7.000000000000001e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.65 
 
 
399 aa  135  9e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  28.68 
 
 
422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  29.41 
 
 
397 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  32.07 
 
 
407 aa  133  5e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  31.03 
 
 
387 aa  132  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  28.31 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  29.1 
 
 
384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>