More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2128 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
405 aa  844    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  80.99 
 
 
397 aa  643    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  89.11 
 
 
359 aa  674    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  77.47 
 
 
414 aa  633  1e-180  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  79.78 
 
 
399 aa  625  1e-178  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  73.12 
 
 
363 aa  559  1e-158  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  57.49 
 
 
377 aa  450  1e-125  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  56.7 
 
 
358 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  57.48 
 
 
346 aa  413  1e-114  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  54.41 
 
 
349 aa  409  1e-113  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  51.21 
 
 
769 aa  397  1e-109  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  45.54 
 
 
561 aa  395  1e-109  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  43.77 
 
 
356 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  43.9 
 
 
366 aa  324  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  42.9 
 
 
357 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  42.29 
 
 
358 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  42.29 
 
 
358 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  42.61 
 
 
356 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  42.17 
 
 
413 aa  319  3.9999999999999996e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  43.48 
 
 
354 aa  318  7.999999999999999e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  43.02 
 
 
358 aa  316  6e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  41.46 
 
 
372 aa  302  6.000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  45.16 
 
 
330 aa  298  2e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  44.74 
 
 
330 aa  297  2e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  41.18 
 
 
378 aa  295  1e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  41.18 
 
 
377 aa  295  1e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  41.18 
 
 
377 aa  294  2e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  41.18 
 
 
377 aa  294  2e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  42.27 
 
 
334 aa  288  2e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  44.08 
 
 
330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  43.99 
 
 
335 aa  285  1.0000000000000001e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  42.06 
 
 
333 aa  285  1.0000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  40.17 
 
 
372 aa  281  1e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  39.6 
 
 
375 aa  281  2e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  42.21 
 
 
349 aa  279  7e-74  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  41.59 
 
 
327 aa  277  2e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  44.35 
 
 
332 aa  276  5e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  43.15 
 
 
353 aa  276  5e-73  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  41.27 
 
 
380 aa  275  1.0000000000000001e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  38.9 
 
 
347 aa  273  3e-72  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  39.6 
 
 
389 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  38.12 
 
 
386 aa  266  4e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  41.11 
 
 
364 aa  266  5e-70  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  36.75 
 
 
394 aa  266  5.999999999999999e-70  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  38.1 
 
 
381 aa  265  1e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  40.83 
 
 
325 aa  263  4.999999999999999e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  41.3 
 
 
333 aa  261  1e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  40.43 
 
 
342 aa  259  6e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  40.27 
 
 
444 aa  258  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  36.64 
 
 
381 aa  255  9e-67  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  39.24 
 
 
479 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  37.92 
 
 
378 aa  253  5.000000000000001e-66  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3125  Radical SAM domain protein  37.13 
 
 
376 aa  249  5e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  36.34 
 
 
356 aa  249  8e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  36.49 
 
 
368 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  38.42 
 
 
389 aa  243  5e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  35.67 
 
 
369 aa  237  2e-61  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  36.91 
 
 
399 aa  238  2e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  35.07 
 
 
367 aa  237  3e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1583  radical SAM domain-containing protein  35.52 
 
 
364 aa  235  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  34.75 
 
 
382 aa  235  1.0000000000000001e-60  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  35.86 
 
 
367 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  35.1 
 
 
370 aa  227  3e-58  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  34.57 
 
 
496 aa  226  7e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2740  radical SAM domain-containing protein  37.43 
 
 
392 aa  224  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.28006 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  33.81 
 
 
350 aa  224  3e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  35.34 
 
 
399 aa  220  3e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  35.44 
 
 
390 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  33.24 
 
 
375 aa  204  3e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  33.9 
 
 
391 aa  203  5e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  30.99 
 
 
418 aa  202  6e-51  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  32.11 
 
 
398 aa  193  5e-48  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  34.09 
 
 
389 aa  192  7e-48  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  31.45 
 
 
397 aa  189  5e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 
480 aa  189  5.999999999999999e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  33.62 
 
 
384 aa  189  1e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  33.71 
 
 
405 aa  187  2e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  33.24 
 
 
377 aa  187  2e-46  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  33.43 
 
 
393 aa  188  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  32.1 
 
 
501 aa  186  4e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  33.7 
 
 
394 aa  185  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  32.58 
 
 
380 aa  183  6e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  32.15 
 
 
394 aa  182  6e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
399 aa  182  7e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  31.92 
 
 
399 aa  182  9.000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  32.48 
 
 
395 aa  179  7e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  32.09 
 
 
378 aa  179  1e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  31.3 
 
 
397 aa  177  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  31.04 
 
 
342 aa  177  4e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  31.82 
 
 
380 aa  175  9.999999999999999e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  32.28 
 
 
394 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  31.44 
 
 
422 aa  173  5e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  30.49 
 
 
393 aa  172  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.29 
 
 
394 aa  171  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  31.53 
 
 
407 aa  170  3e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  30.57 
 
 
393 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  29.32 
 
 
393 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30 
 
 
399 aa  168  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  32.39 
 
 
396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  27.91 
 
 
373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>