More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1953 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  77.3 
 
 
397 aa  650    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  81.33 
 
 
393 aa  690    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  80.92 
 
 
394 aa  681    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  79.39 
 
 
394 aa  674    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  100 
 
 
394 aa  820    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  81.07 
 
 
393 aa  667    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  73.1 
 
 
395 aa  616  1e-175  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  67.85 
 
 
399 aa  586  1e-166  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  68.62 
 
 
393 aa  583  1.0000000000000001e-165  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  64.23 
 
 
397 aa  541  1e-153  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  64.99 
 
 
422 aa  544  1e-153  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  61.4 
 
 
399 aa  526  1e-148  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  55.64 
 
 
390 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  54.45 
 
 
396 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  54.18 
 
 
393 aa  435  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  52.67 
 
 
391 aa  421  1e-117  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  51.92 
 
 
394 aa  419  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  55.56 
 
 
355 aa  409  1e-113  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  48.34 
 
 
390 aa  403  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  50.13 
 
 
382 aa  395  1e-109  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  44.64 
 
 
407 aa  347  2e-94  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  45.43 
 
 
405 aa  344  2e-93  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  45.04 
 
 
409 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  43.77 
 
 
415 aa  327  2.0000000000000001e-88  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  42.35 
 
 
404 aa  320  3.9999999999999996e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  42.82 
 
 
399 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  44.04 
 
 
418 aa  305  8.000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  43.18 
 
 
379 aa  305  9.000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  40.28 
 
 
410 aa  303  3.0000000000000004e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  41.74 
 
 
406 aa  298  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  41.74 
 
 
406 aa  298  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  42.15 
 
 
398 aa  293  5e-78  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  42.46 
 
 
407 aa  287  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  41.39 
 
 
404 aa  286  5.999999999999999e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  40.28 
 
 
402 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  41.19 
 
 
387 aa  277  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  40.34 
 
 
401 aa  271  2e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  38.7 
 
 
387 aa  270  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  37.64 
 
 
387 aa  269  8e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  39.62 
 
 
391 aa  265  8e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  37.92 
 
 
387 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  41.98 
 
 
342 aa  261  2e-68  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  38.52 
 
 
399 aa  258  2e-67  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  37.95 
 
 
366 aa  257  3e-67  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  37.03 
 
 
373 aa  251  1e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  39.18 
 
 
378 aa  244  9.999999999999999e-64  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  34.76 
 
 
375 aa  243  3e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  38.59 
 
 
377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  37.82 
 
 
384 aa  232  7.000000000000001e-60  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  38.66 
 
 
389 aa  231  2e-59  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  36.86 
 
 
380 aa  223  4e-57  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  36.67 
 
 
496 aa  222  7e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  38.44 
 
 
380 aa  222  9.999999999999999e-57  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  35.8 
 
 
479 aa  209  5e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  34.96 
 
 
346 aa  206  4e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  36.71 
 
 
330 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  33.9 
 
 
356 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
354 aa  196  7e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  34.56 
 
 
363 aa  195  1e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
356 aa  193  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  32.95 
 
 
357 aa  192  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  32.38 
 
 
377 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  34.09 
 
 
327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  36.6 
 
 
330 aa  189  8e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  31.82 
 
 
358 aa  188  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  32.49 
 
 
358 aa  188  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  31.52 
 
 
349 aa  187  2e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  31.84 
 
 
414 aa  187  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  31.53 
 
 
358 aa  186  4e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  35.94 
 
 
330 aa  186  6e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  31.94 
 
 
359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  32.15 
 
 
405 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  31.65 
 
 
358 aa  183  6e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30.48 
 
 
366 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  33.61 
 
 
501 aa  181  2e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  32.58 
 
 
480 aa  177  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.15 
 
 
397 aa  177  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  33.62 
 
 
335 aa  176  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  33.62 
 
 
334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  30.83 
 
 
399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  32.11 
 
 
349 aa  173  5e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  35.55 
 
 
333 aa  172  7.999999999999999e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  34.77 
 
 
332 aa  172  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  31.4 
 
 
375 aa  169  6e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  32.88 
 
 
369 aa  167  2e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  29.07 
 
 
413 aa  168  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 
358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 
375 aa  167  4e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  29.92 
 
 
561 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  31.1 
 
 
380 aa  166  9e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  32.98 
 
 
389 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  32.57 
 
 
769 aa  164  2.0000000000000002e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  32.87 
 
 
333 aa  162  6e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  31.79 
 
 
381 aa  162  7e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  32.63 
 
 
382 aa  162  8.000000000000001e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 
350 aa  161  2e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  30.68 
 
 
368 aa  160  3e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  31.73 
 
 
325 aa  159  1e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  30.83 
 
 
394 aa  157  3e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  30.18 
 
 
389 aa  157  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>