More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3170 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  80.26 
 
 
387 aa  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  100 
 
 
387 aa  790    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  60.21 
 
 
399 aa  501  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  57.78 
 
 
379 aa  488  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  60.16 
 
 
406 aa  485  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  60.16 
 
 
406 aa  484  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  59.84 
 
 
402 aa  483  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  57.89 
 
 
418 aa  474  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  53.58 
 
 
404 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  52.05 
 
 
410 aa  453  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.61 
 
 
387 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  55.35 
 
 
387 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  50.51 
 
 
404 aa  397  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  51.82 
 
 
407 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  43.58 
 
 
399 aa  315  8e-85  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  44.32 
 
 
355 aa  312  7.999999999999999e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  40.94 
 
 
391 aa  312  7.999999999999999e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  40.22 
 
 
390 aa  306  4.0000000000000004e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  41.26 
 
 
396 aa  305  8.000000000000001e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  42.74 
 
 
397 aa  305  1.0000000000000001e-81  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  43.98 
 
 
394 aa  304  2.0000000000000002e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  43.34 
 
 
393 aa  301  1e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  41.64 
 
 
393 aa  300  2e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  39.52 
 
 
373 aa  293  3e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  41.05 
 
 
390 aa  293  4e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  41.82 
 
 
382 aa  292  6e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  41.22 
 
 
399 aa  291  9e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  41.19 
 
 
394 aa  286  5e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  40.5 
 
 
393 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  39.19 
 
 
394 aa  285  5.999999999999999e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  41.01 
 
 
395 aa  285  8e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  39.17 
 
 
397 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  37.37 
 
 
375 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  37.53 
 
 
394 aa  279  6e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  41.87 
 
 
422 aa  277  2e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  41.6 
 
 
407 aa  276  5e-73  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  38.71 
 
 
393 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  40.16 
 
 
405 aa  273  3e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  40.91 
 
 
409 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  37.86 
 
 
415 aa  254  2.0000000000000002e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2082  radical SAM family protein  44.62 
 
 
321 aa  250  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.460163 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  39.94 
 
 
399 aa  247  3e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  38.84 
 
 
401 aa  244  9.999999999999999e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  32.53 
 
 
358 aa  239  5.999999999999999e-62  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  39.66 
 
 
391 aa  238  1e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  37.89 
 
 
398 aa  218  2e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  35.33 
 
 
384 aa  210  3e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  36.29 
 
 
366 aa  207  3e-52  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  36.47 
 
 
389 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  36.75 
 
 
377 aa  200  3e-50  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  35.76 
 
 
342 aa  200  3e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  36.68 
 
 
380 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  34.06 
 
 
378 aa  199  7e-50  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  34.56 
 
 
377 aa  194  3e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  34.2 
 
 
380 aa  188  2e-46  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  34.11 
 
 
480 aa  186  5e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  32.26 
 
 
496 aa  186  7e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  33.52 
 
 
479 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  32.29 
 
 
349 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  34.92 
 
 
349 aa  172  6.999999999999999e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  31.51 
 
 
346 aa  172  9e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  32.19 
 
 
561 aa  167  2e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 
358 aa  166  8e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  33.24 
 
 
373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  28.45 
 
 
363 aa  162  9e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  29.44 
 
 
405 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  30.03 
 
 
501 aa  160  3e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
359 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  32.42 
 
 
356 aa  157  4e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 
414 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.11 
 
 
397 aa  155  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  31.3 
 
 
330 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  32.75 
 
 
325 aa  155  1e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  33.91 
 
 
335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  30.72 
 
 
332 aa  153  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  31.01 
 
 
330 aa  153  5e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  28.94 
 
 
354 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  31.21 
 
 
327 aa  152  8e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  29.51 
 
 
356 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  30.13 
 
 
375 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 
356 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  31.49 
 
 
381 aa  150  4e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30.46 
 
 
366 aa  150  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  32.72 
 
 
389 aa  150  5e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  32.08 
 
 
330 aa  149  8e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  28.29 
 
 
358 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  28.15 
 
 
399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  30.29 
 
 
769 aa  146  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 
358 aa  146  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  32.86 
 
 
334 aa  146  6e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  31.51 
 
 
378 aa  145  9e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  26.07 
 
 
357 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  27.79 
 
 
358 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  33.24 
 
 
444 aa  143  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
361 aa  140  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  30 
 
 
399 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  31.52 
 
 
333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  31.97 
 
 
372 aa  136  5e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  30.34 
 
 
375 aa  135  8e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>