More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1225 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
395 aa  815    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  74.23 
 
 
393 aa  625  1e-178  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  73.1 
 
 
394 aa  616  1e-175  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  72.15 
 
 
399 aa  607  1e-173  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  71.43 
 
 
397 aa  604  9.999999999999999e-173  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  68.96 
 
 
394 aa  588  1e-167  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  69.05 
 
 
393 aa  580  1e-164  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  68.45 
 
 
394 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  69.31 
 
 
393 aa  567  1e-160  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  65.99 
 
 
422 aa  539  9.999999999999999e-153  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  64.74 
 
 
397 aa  525  1e-148  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  62.66 
 
 
399 aa  527  1e-148  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  58.12 
 
 
390 aa  472  1e-132  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  57.51 
 
 
396 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  55.75 
 
 
394 aa  451  1e-125  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  54.2 
 
 
391 aa  445  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  52.91 
 
 
393 aa  416  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  51.91 
 
 
382 aa  417  9.999999999999999e-116  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  55.84 
 
 
355 aa  409  1e-113  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  48.59 
 
 
390 aa  402  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  47.36 
 
 
407 aa  374  1e-102  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  47.19 
 
 
405 aa  361  1e-98  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  49.11 
 
 
409 aa  355  1e-96  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  46.76 
 
 
399 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  46.02 
 
 
379 aa  322  5e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  42.3 
 
 
415 aa  321  1.9999999999999998e-86  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  44.66 
 
 
402 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  44.6 
 
 
418 aa  307  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  42.82 
 
 
404 aa  307  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  43.7 
 
 
407 aa  304  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  42.25 
 
 
406 aa  295  8e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  39.78 
 
 
410 aa  294  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  41.97 
 
 
406 aa  293  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  43.02 
 
 
404 aa  292  8e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  41.29 
 
 
387 aa  289  7e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  41.67 
 
 
398 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  41.57 
 
 
387 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  41.01 
 
 
387 aa  278  9e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  40.68 
 
 
387 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  41.18 
 
 
401 aa  272  7e-72  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  38.68 
 
 
399 aa  270  2e-71  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  41.81 
 
 
342 aa  261  1e-68  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  39.67 
 
 
391 aa  260  3e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  39.9 
 
 
366 aa  250  3e-65  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  35.61 
 
 
375 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  37.11 
 
 
378 aa  241  1e-62  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  37.73 
 
 
384 aa  238  1e-61  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  38.4 
 
 
377 aa  237  3e-61  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  37.63 
 
 
380 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  35.41 
 
 
373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  37.37 
 
 
389 aa  230  4e-59  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  37.73 
 
 
380 aa  229  6e-59  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  34.24 
 
 
479 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  32.29 
 
 
346 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
359 aa  189  8e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  32.04 
 
 
496 aa  187  2e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  32.07 
 
 
399 aa  187  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  32 
 
 
377 aa  186  5e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  32.48 
 
 
405 aa  180  4e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  32.07 
 
 
363 aa  179  1e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  29.06 
 
 
357 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  30.68 
 
 
414 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  33.43 
 
 
349 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  34.1 
 
 
333 aa  174  2.9999999999999996e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  32.66 
 
 
480 aa  172  6.999999999999999e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  31.62 
 
 
561 aa  172  1e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  29.48 
 
 
366 aa  171  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  30.85 
 
 
501 aa  171  2e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  32.95 
 
 
330 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  30 
 
 
349 aa  171  3e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  29.55 
 
 
356 aa  169  7e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
358 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 
358 aa  169  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  28.41 
 
 
354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  34.29 
 
 
769 aa  167  4e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  30.58 
 
 
358 aa  167  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  29.26 
 
 
356 aa  166  5e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  31.54 
 
 
380 aa  166  5e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  29.06 
 
 
358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  32.37 
 
 
330 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 
358 aa  164  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.34 
 
 
397 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  32.48 
 
 
330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  33.04 
 
 
335 aa  162  7e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  31.28 
 
 
372 aa  159  7e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  30.97 
 
 
327 aa  159  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  31.43 
 
 
381 aa  158  1e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  32.58 
 
 
325 aa  159  1e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  31.94 
 
 
394 aa  158  2e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  31.2 
 
 
382 aa  157  2e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  29.62 
 
 
378 aa  156  6e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  30.25 
 
 
377 aa  156  8e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  31.59 
 
 
334 aa  155  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  29.97 
 
 
377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  29.97 
 
 
377 aa  153  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  30.59 
 
 
333 aa  153  4e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  31.22 
 
 
418 aa  154  4e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  28.96 
 
 
375 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  31.59 
 
 
368 aa  152  1e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  31.21 
 
 
347 aa  151  2e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>