More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2159 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
330 aa  694    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  78.18 
 
 
330 aa  570  1e-161  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  76.06 
 
 
332 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  67.68 
 
 
335 aa  509  1e-143  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  68.4 
 
 
334 aa  495  1e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  67.38 
 
 
330 aa  473  1e-132  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  62.88 
 
 
333 aa  464  9.999999999999999e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  62.04 
 
 
327 aa  439  9.999999999999999e-123  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  60.62 
 
 
333 aa  429  1e-119  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  45.61 
 
 
377 aa  318  6e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  45.99 
 
 
363 aa  309  4e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  46.25 
 
 
349 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  44.41 
 
 
346 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  44.21 
 
 
358 aa  301  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  44.74 
 
 
405 aa  298  8e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  43.44 
 
 
349 aa  296  4e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  44.21 
 
 
414 aa  295  1e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  43.27 
 
 
359 aa  289  4e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  42.18 
 
 
399 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  43.19 
 
 
381 aa  288  1e-76  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  42.94 
 
 
561 aa  280  2e-74  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  43.7 
 
 
769 aa  278  1e-73  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  41.23 
 
 
397 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  41.74 
 
 
356 aa  267  2e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  40.79 
 
 
325 aa  267  2e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  41.18 
 
 
354 aa  258  8e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  39.24 
 
 
366 aa  258  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  39.41 
 
 
356 aa  251  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  38.26 
 
 
479 aa  251  2e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  38.94 
 
 
358 aa  248  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  38.82 
 
 
356 aa  247  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  38.35 
 
 
358 aa  247  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  39.05 
 
 
357 aa  246  3e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  39.58 
 
 
358 aa  238  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  37.82 
 
 
399 aa  231  2e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  36.86 
 
 
501 aa  229  5e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  40.18 
 
 
389 aa  226  3e-58  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  37.58 
 
 
342 aa  225  8e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  38.79 
 
 
398 aa  223  4e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  39.29 
 
 
380 aa  223  4e-57  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  39.58 
 
 
377 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  34.66 
 
 
496 aa  218  1e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  36.39 
 
 
480 aa  217  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  38.99 
 
 
380 aa  217  2e-55  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  34.77 
 
 
418 aa  215  7e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  34.46 
 
 
375 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  34.9 
 
 
347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  33.71 
 
 
377 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  34.68 
 
 
390 aa  209  7e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  32.86 
 
 
378 aa  207  1e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  32.86 
 
 
377 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  32.86 
 
 
377 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  34.59 
 
 
372 aa  206  3e-52  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  34.66 
 
 
391 aa  204  1e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  32.29 
 
 
372 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  36.28 
 
 
384 aa  204  2e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  34.2 
 
 
394 aa  202  7e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  36.58 
 
 
378 aa  202  8e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  33.24 
 
 
381 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  32.77 
 
 
369 aa  197  3e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  32.61 
 
 
382 aa  197  3e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  32.56 
 
 
380 aa  196  4.0000000000000005e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  34.07 
 
 
386 aa  195  9e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  34.01 
 
 
391 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  35.36 
 
 
382 aa  193  4e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  34.97 
 
 
407 aa  192  5e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  35.31 
 
 
364 aa  192  5e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  33.05 
 
 
390 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  35.84 
 
 
367 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  0.00000759697 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  31.83 
 
 
389 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  36.31 
 
 
409 aa  189  7e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  36.6 
 
 
394 aa  189  7e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  35.26 
 
 
405 aa  186  4e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  30.94 
 
 
368 aa  186  6e-46  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  32.31 
 
 
378 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  32.69 
 
 
444 aa  182  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  35.14 
 
 
355 aa  182  8.000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  32.38 
 
 
397 aa  182  8.000000000000001e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  32.86 
 
 
422 aa  179  4e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  32.19 
 
 
393 aa  178  9e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  32.26 
 
 
353 aa  178  1e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  34.58 
 
 
393 aa  177  3e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  31.65 
 
 
399 aa  176  5e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  30.62 
 
 
370 aa  176  5e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.91 
 
 
394 aa  175  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  34.58 
 
 
393 aa  175  9e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  33.24 
 
 
389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  31.25 
 
 
394 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  33.52 
 
 
396 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  39.82 
 
 
413 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  33.71 
 
 
394 aa  173  5e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  31.32 
 
 
399 aa  170  3e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  30.86 
 
 
342 aa  170  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  30.64 
 
 
350 aa  169  5e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  32.01 
 
 
332 aa  169  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  30.79 
 
 
333 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  32.01 
 
 
393 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  32.66 
 
 
397 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  32.33 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  32.37 
 
 
395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>