More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2161 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
390 aa  810    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  77.95 
 
 
396 aa  647    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  71.87 
 
 
391 aa  604  9.999999999999999e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  69.39 
 
 
393 aa  545  1e-154  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  63.14 
 
 
394 aa  525  1e-148  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  60 
 
 
399 aa  493  9.999999999999999e-139  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  60 
 
 
382 aa  483  1e-135  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  58.12 
 
 
395 aa  472  1e-132  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  63.82 
 
 
355 aa  469  1.0000000000000001e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  55.67 
 
 
393 aa  465  9.999999999999999e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  55.67 
 
 
397 aa  458  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  55.28 
 
 
394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  55.64 
 
 
394 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  54.29 
 
 
397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  54.29 
 
 
422 aa  442  1e-123  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  53.25 
 
 
399 aa  439  9.999999999999999e-123  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  55.03 
 
 
394 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  54.8 
 
 
393 aa  435  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  53.03 
 
 
393 aa  432  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  46.68 
 
 
390 aa  378  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  46.82 
 
 
407 aa  372  1e-102  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  47.96 
 
 
405 aa  374  1e-102  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  44.9 
 
 
415 aa  342  5.999999999999999e-93  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  45.64 
 
 
409 aa  338  7e-92  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  46.2 
 
 
402 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  44.1 
 
 
399 aa  321  9.999999999999999e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  43.63 
 
 
379 aa  320  3.9999999999999996e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  42.42 
 
 
404 aa  316  4e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  43.85 
 
 
404 aa  294  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  43.1 
 
 
407 aa  295  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  41.8 
 
 
387 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  38.32 
 
 
410 aa  292  7e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  41.94 
 
 
418 aa  292  8e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  42.02 
 
 
406 aa  290  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  42.02 
 
 
406 aa  290  4e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  40.56 
 
 
387 aa  289  7e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  42.25 
 
 
387 aa  285  8e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  41.05 
 
 
387 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  40.67 
 
 
366 aa  275  1.0000000000000001e-72  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  37.98 
 
 
375 aa  273  3e-72  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  40.62 
 
 
398 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  41.51 
 
 
391 aa  265  7e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  38.59 
 
 
401 aa  261  2e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  37.66 
 
 
399 aa  256  6e-67  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  39.09 
 
 
373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  39.3 
 
 
342 aa  249  8e-65  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  39.08 
 
 
380 aa  239  9e-62  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  38.79 
 
 
380 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  39.08 
 
 
378 aa  232  8.000000000000001e-60  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  38.79 
 
 
377 aa  228  1e-58  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  37.46 
 
 
389 aa  226  6e-58  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  37.93 
 
 
384 aa  224  1e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  32.76 
 
 
358 aa  195  1e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  33.05 
 
 
330 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  32.76 
 
 
479 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  34.66 
 
 
356 aa  186  6e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  33.99 
 
 
480 aa  186  6e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
377 aa  186  6e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  32.59 
 
 
414 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  32.87 
 
 
501 aa  183  4.0000000000000006e-45  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  32.24 
 
 
496 aa  183  5.0000000000000004e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  32.18 
 
 
358 aa  183  6e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  33.05 
 
 
354 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  33.81 
 
 
356 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  31.9 
 
 
358 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  31.9 
 
 
357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  34.47 
 
 
358 aa  180  4.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  33.91 
 
 
332 aa  179  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 
330 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  32.67 
 
 
334 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  31 
 
 
413 aa  174  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  35.16 
 
 
325 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  35.04 
 
 
349 aa  172  6.999999999999999e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  31.83 
 
 
359 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  31.71 
 
 
358 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  30.42 
 
 
375 aa  171  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  31.39 
 
 
363 aa  170  4e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  31.82 
 
 
346 aa  170  4e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  32.58 
 
 
349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  28.97 
 
 
561 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  33.24 
 
 
769 aa  166  1.0000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  31.2 
 
 
399 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  29.91 
 
 
327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.16 
 
 
397 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  30.64 
 
 
335 aa  162  7e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  31.3 
 
 
366 aa  162  8.000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  31.37 
 
 
405 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  31.69 
 
 
368 aa  160  4e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  31.52 
 
 
333 aa  159  6e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  29.66 
 
 
333 aa  159  8e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  30.17 
 
 
330 aa  157  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  30.77 
 
 
369 aa  152  8e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  31.15 
 
 
370 aa  152  1e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  30.29 
 
 
373 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  30.64 
 
 
378 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1148  Radical SAM domain protein  31.62 
 
 
375 aa  145  2e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  31.91 
 
 
347 aa  144  3e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  27.73 
 
 
377 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  29.05 
 
 
372 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
381 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>