More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0459 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  100 
 
 
375 aa  766    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  57.91 
 
 
373 aa  437  1e-121  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0341  Radical SAM domain protein  43.32 
 
 
358 aa  311  2e-83  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860608  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  41.58 
 
 
404 aa  301  1e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  42.37 
 
 
402 aa  300  4e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40.48 
 
 
399 aa  296  4e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  40 
 
 
379 aa  295  7e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  40.16 
 
 
410 aa  293  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  39.74 
 
 
387 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  39.05 
 
 
387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  37.37 
 
 
387 aa  276  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  37.98 
 
 
390 aa  273  3e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  35.96 
 
 
387 aa  271  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  36.39 
 
 
406 aa  265  8e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  38.68 
 
 
390 aa  265  1e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  36.39 
 
 
406 aa  264  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  38.15 
 
 
396 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  37.32 
 
 
355 aa  259  6e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  36.51 
 
 
404 aa  259  6e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  35.8 
 
 
394 aa  255  8e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  38.2 
 
 
418 aa  254  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  38.24 
 
 
407 aa  253  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  36.75 
 
 
382 aa  253  6e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  36.34 
 
 
397 aa  252  8.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  35.41 
 
 
393 aa  250  3e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  36.96 
 
 
393 aa  248  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  35.61 
 
 
395 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  35.04 
 
 
394 aa  245  8e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  35.23 
 
 
391 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  35.88 
 
 
399 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  34.47 
 
 
394 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  34.76 
 
 
394 aa  243  3e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  35.13 
 
 
393 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  33.71 
 
 
393 aa  238  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  34.65 
 
 
405 aa  236  4e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  34.84 
 
 
407 aa  232  9e-60  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  34.37 
 
 
397 aa  232  1e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  34.08 
 
 
422 aa  229  5e-59  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  36.57 
 
 
391 aa  219  6e-56  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  35.24 
 
 
366 aa  217  2.9999999999999998e-55  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  34.7 
 
 
399 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  31.18 
 
 
399 aa  216  7e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  32.96 
 
 
409 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  31.79 
 
 
415 aa  202  5e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  33.59 
 
 
398 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  30.97 
 
 
401 aa  196  7e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  33.24 
 
 
342 aa  194  2e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  34.58 
 
 
378 aa  187  2e-46  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  30.97 
 
 
501 aa  177  2e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  33.91 
 
 
380 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  32.12 
 
 
479 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  33.24 
 
 
377 aa  171  1e-41  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  33.52 
 
 
389 aa  172  1e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  30.11 
 
 
496 aa  171  2e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  32.66 
 
 
380 aa  168  2e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  33.96 
 
 
384 aa  167  2e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  30.95 
 
 
346 aa  164  3e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  32.27 
 
 
325 aa  158  1e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  30.42 
 
 
349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  28.13 
 
 
363 aa  151  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  30.83 
 
 
358 aa  150  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 
349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  29.35 
 
 
377 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  30.34 
 
 
354 aa  147  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  30.83 
 
 
356 aa  145  9e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  27.78 
 
 
414 aa  145  9e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  29.39 
 
 
358 aa  145  9e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  27.79 
 
 
480 aa  145  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.02 
 
 
397 aa  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 
330 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  29.44 
 
 
356 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  30.08 
 
 
350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 
357 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  28.21 
 
 
366 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  27.15 
 
 
405 aa  139  7e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 
359 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  30.25 
 
 
769 aa  138  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  26.97 
 
 
358 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  28.28 
 
 
327 aa  137  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  26.54 
 
 
561 aa  135  9e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 
358 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  27.57 
 
 
381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  29.13 
 
 
347 aa  132  7.999999999999999e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 
356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 
330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
378 aa  130  3e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  26.15 
 
 
373 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  28.48 
 
 
333 aa  129  7.000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 
368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  27.07 
 
 
359 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
368 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 
330 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  30.34 
 
 
382 aa  127  3e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  24.71 
 
 
428 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  25.44 
 
 
389 aa  126  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  27.41 
 
 
335 aa  126  6e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  27.01 
 
 
334 aa  126  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 
332 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>