More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3888 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 730 aa  1508    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  78.28 
 
 		 751 aa  1177    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  67.54 
 
 		 727 aa  1024    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  78.01 
 
 		 729 aa  1177    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  67.68 
 
 		 727 aa  1026    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  66.91 
 
 		 737 aa  977    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  39.75 
 
 		 747 aa  512  1e-144  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3109  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 		 738 aa  463  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242785  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0878  TonB-dependent receptor  38.42 
 
 		 773 aa  461  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0445  TonB-dependent receptor  38.3 
 
 		 734 aa  449  1e-125  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000342866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4270  TonB-dependent receptor  38.64 
 
 		 880 aa  436  1e-121  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.156647  decreased coverage  0.00504276 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0508  TonB-dependent receptor  35.93 
 
 		 764 aa  400  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.786517  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  28.8 
 
 		 705 aa  204  5e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0923  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 684 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.854225  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 782 aa  193  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3367  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 684 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.238056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3439  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 684 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.587459  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0973  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 683 aa  187  5e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00145441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3564  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 		 684 aa  186  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000148134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 700 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0935  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 683 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000201333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0948  TonB-dependent receptor domain-containing protein  24.31 
 
 		 691 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.915378  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0939  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 683 aa  172  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0878917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0937  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 683 aa  172  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1102  TonB-dependent receptor domain-containing protein  26.66 
 
 		 683 aa  169  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  25.03 
 
 		 710 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  25.91 
 
 		 809 aa  146  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 721 aa  144  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  26.6 
 
 		 809 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 721 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  26.01 
 
 		 809 aa  141  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  25.63 
 
 		 809 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  27.27 
 
 		 687 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  24.4 
 
 		 711 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  24.45 
 
 		 712 aa  130  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  28.57 
 
 		 518 aa  127  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  25.21 
 
 		 693 aa  127  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  25.04 
 
 		 807 aa  126  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  25.32 
 
 		 688 aa  126  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  25.69 
 
 		 723 aa  124  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  24.52 
 
 		 774 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2724  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 709 aa  123  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424768 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  23.78 
 
 		 731 aa  121  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  24.9 
 
 		 720 aa  120  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  24.49 
 
 		 774 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  24 
 
 		 675 aa  117  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  24.05 
 
 		 774 aa  115  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  24.05 
 
 		 774 aa  115  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  24.05 
 
 		 774 aa  115  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  24.05 
 
 		 774 aa  115  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  23.63 
 
 		 777 aa  114  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  23.28 
 
 		 774 aa  114  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  25.85 
 
 		 696 aa  113  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  25 
 
 		 690 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  21.85 
 
 		 708 aa  109  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  23.55 
 
 		 782 aa  106  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  24.1 
 
 		 717 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  23.2 
 
 		 782 aa  105  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  22.02 
 
 		 731 aa  99  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  23.58 
 
 		 712 aa  96.7  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  23.24 
 
 		 693 aa  94  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06299  hypothetical protein  23.61 
 
 		 715 aa  89.4  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  25.03 
 
 		 710 aa  88.2  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  31.36 
 
 		 703 aa  87.8  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 706 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  23.13 
 
 		 726 aa  85.5  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  30.86 
 
 		 704 aa  84  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  21.57 
 
 		 702 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  21.57 
 
 		 702 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.04 
 
 		 681 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.68 
 
 		 713 aa  81.6  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.82 
 
 		 728 aa  81.6  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  31.97 
 
 		 784 aa  77.8  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 740 aa  75.1  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1281  TonB-dependent siderophore receptor  21.15 
 
 		 699 aa  74.7  0.000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0785  TonB-dependent receptor, plug  24.02 
 
 		 829 aa  74.3  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.324932  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  22.89 
 
 		 710 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  28.77 
 
 		 784 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  22.76 
 
 		 770 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3742  TonB-dependent receptor plug  25.57 
 
 		 715 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  28.77 
 
 		 784 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  29.67 
 
 		 677 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  22.76 
 
 		 710 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2540  hypothetical protein  25.24 
 
 		 601 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.600129  normal  0.687458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  31.03 
 
 		 729 aa  72  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6744  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 731 aa  71.6  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.468719 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 715 aa  71.6  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  23.38 
 
 		 760 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  31.22 
 
 		 749 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0946  TonB-dependent siderophore receptor  23.22 
 
 		 706 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  30.54 
 
 		 741 aa  70.5  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  31.03 
 
 		 707 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  30.54 
 
 		 767 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  31.03 
 
 		 737 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2972  outer membrane receptor FepA  23.5 
 
 		 724 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0370731 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 821 aa  69.3  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4171  hypothetical protein  26.05 
 
 		 704 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3075  outer membrane receptor FepA  23.5 
 
 		 724 aa  68.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.203578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  23.15 
 
 		 849 aa  68.6  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1697  TonB-dependent receptor, plug  27.06 
 
 		 704 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>