More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4171 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4171  hypothetical protein  100 
 
 
704 aa  1444    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3742  TonB-dependent receptor plug  92.47 
 
 
715 aa  1350    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3661  hypothetical protein  60.8 
 
 
702 aa  866    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4209  TonB-dependent receptor  70.28 
 
 
707 aa  1017    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1697  TonB-dependent receptor, plug  98.86 
 
 
704 aa  1429    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3494  TonB-dependent receptor plug  86.26 
 
 
715 aa  1241    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43650  hypothetical protein  60.9 
 
 
705 aa  852    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00638923  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1362  TonB-dependent receptor, plug  33.02 
 
 
737 aa  335  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0352862  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3002  TonB-dependent receptor plug  30.67 
 
 
668 aa  262  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.957092  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  31.54 
 
 
643 aa  249  9e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 
679 aa  223  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
678 aa  195  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3416  TonB-dependent receptor plug  27.84 
 
 
684 aa  190  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.717717  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 
714 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  45.28 
 
 
670 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2036  TonB-dependent receptor  46.99 
 
 
687 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0552  TonB-dependent receptor, plug  41.34 
 
 
653 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 
715 aa  118  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 
710 aa  117  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  24.83 
 
 
642 aa  114  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  23.08 
 
 
678 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  22.69 
 
 
676 aa  105  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  35.03 
 
 
680 aa  100  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 
710 aa  99.8  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  32.42 
 
 
615 aa  97.8  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  28.44 
 
 
667 aa  97.4  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  35.94 
 
 
718 aa  97.1  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0769  TonB-dependent receptor, plug  34.51 
 
 
687 aa  92.8  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0123  TonB-dependent receptor plug  37.29 
 
 
670 aa  92  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0182279  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  39.01 
 
 
662 aa  90.9  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 
637 aa  90.5  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0777  TonB-dependent receptor plug  36.09 
 
 
645 aa  85.9  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  26.23 
 
 
617 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  32.8 
 
 
659 aa  85.1  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  38.41 
 
 
616 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 
602 aa  84.7  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 
762 aa  84  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  37.23 
 
 
688 aa  83.6  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  27.96 
 
 
641 aa  82.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  32.58 
 
 
713 aa  83.2  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 
626 aa  82.4  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  34.03 
 
 
628 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  34.59 
 
 
1023 aa  82  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  29.9 
 
 
618 aa  82  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 
626 aa  82.4  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0510  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  22.79 
 
 
680 aa  81.3  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.382474  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  30 
 
 
617 aa  80.1  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  35.62 
 
 
809 aa  80.5  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  21.58 
 
 
704 aa  79.7  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  31.43 
 
 
893 aa  79  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  28.42 
 
 
611 aa  79  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1992  TonB-dependent receptor, plug  34.03 
 
 
671 aa  79  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643758  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  34.44 
 
 
1128 aa  78.6  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  32.43 
 
 
638 aa  77.8  0.0000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 
593 aa  77.8  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 
611 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 
682 aa  77  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  30.61 
 
 
628 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 
634 aa  75.9  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  29.84 
 
 
639 aa  76.3  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 
695 aa  76.3  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  35.61 
 
 
679 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 
705 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 
662 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  22.96 
 
 
663 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.99 
 
 
631 aa  75.5  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  26.67 
 
 
597 aa  75.5  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2789  TonB-dependent receptor  32.29 
 
 
675 aa  75.1  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 
946 aa  74.7  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  30.43 
 
 
655 aa  75.1  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  34.18 
 
 
646 aa  74.7  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 
680 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  36.96 
 
 
668 aa  74.3  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.43 
 
 
631 aa  74.3  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.43 
 
 
631 aa  74.3  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 
869 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 
662 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  32.08 
 
 
613 aa  73.9  0.000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
729 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  31.95 
 
 
665 aa  73.6  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  32.98 
 
 
613 aa  73.6  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 
662 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  31.1 
 
 
663 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  31.1 
 
 
663 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 
817 aa  72.8  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  31.1 
 
 
663 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  28.21 
 
 
615 aa  72.8  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  30.7 
 
 
686 aa  73.2  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  35.4 
 
 
616 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  27.35 
 
 
690 aa  73.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  31.1 
 
 
663 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  24.11 
 
 
617 aa  72.8  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  31.1 
 
 
663 aa  73.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  31.13 
 
 
706 aa  72.8  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  31.1 
 
 
659 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  26.79 
 
 
633 aa  72  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 
614 aa  72  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  22.29 
 
 
699 aa  72  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  25.07 
 
 
731 aa  72.4  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.79 
 
 
614 aa  71.6  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>