More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5807 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  59.86 
 
 		 720 aa  833    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  54.11 
 
 		 809 aa  745    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  59.42 
 
 		 723 aa  843    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  53.53 
 
 		 807 aa  739    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  50.62 
 
 		 687 aa  669    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  53.84 
 
 		 721 aa  733    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  53.84 
 
 		 809 aa  742    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  82.03 
 
 		 731 aa  1212    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  100 
 
 		 717 aa  1475    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  54.53 
 
 		 809 aa  729    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  55.54 
 
 		 809 aa  744    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  55.01 
 
 		 721 aa  734    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  46.69 
 
 		 774 aa  591  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  46.4 
 
 		 774 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  45.07 
 
 		 777 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  44.37 
 
 		 782 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  45.38 
 
 		 782 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  43.92 
 
 		 774 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  44.06 
 
 		 774 aa  557  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  43.92 
 
 		 774 aa  556  1e-157  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  43.92 
 
 		 774 aa  555  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  43.92 
 
 		 774 aa  555  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  42.68 
 
 		 708 aa  547  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  45.26 
 
 		 784 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  45.26 
 
 		 784 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  45.01 
 
 		 784 aa  520  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  44.4 
 
 		 693 aa  521  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  31.41 
 
 		 712 aa  315  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  32.09 
 
 		 703 aa  310  5.9999999999999995e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  31.93 
 
 		 696 aa  308  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  31.76 
 
 		 675 aa  308  3e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  30.99 
 
 		 690 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  28.89 
 
 		 704 aa  294  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  30.24 
 
 		 688 aa  287  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  29.53 
 
 		 710 aa  270  5e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  29.18 
 
 		 713 aa  258  4e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  28.19 
 
 		 731 aa  252  2e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  27.9 
 
 		 711 aa  252  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 782 aa  194  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  24.66 
 
 		 705 aa  144  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 700 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  28.79 
 
 		 518 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2724  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 709 aa  116  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424768 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 747 aa  108  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3109  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 738 aa  106  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242785  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0312  iron(III) dicitrate transport protein, outer membrane receptor  24.44 
 
 		 807 aa  106  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.670307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.18 
 
 		 726 aa  105  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3037  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 736 aa  104  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.117014 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  22.55 
 
 		 656 aa  103  8e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  23.67 
 
 		 776 aa  99.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 821 aa  99.4  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0878  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 773 aa  99  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1968  TonB-dependent heme receptor  22.68 
 
 		 690 aa  98.2  4e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  22.9 
 
 		 664 aa  98.2  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4532  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 813 aa  97.8  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.885203  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08506  outer membrane receptor protein  23.01 
 
 		 846 aa  97.8  7e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1601  TonB-dependent heme receptor  21.56 
 
 		 702 aa  97.1  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 730 aa  95.9  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4665  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 739 aa  95.9  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 700 aa  94.7  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 700 aa  94.7  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.18 
 
 		 706 aa  94  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  23.97 
 
 		 721 aa  93.6  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  23.83 
 
 		 706 aa  93.6  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  25.45 
 
 		 700 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 700 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  25.45 
 
 		 700 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  23.5 
 
 		 737 aa  92.8  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0858  TonB-dependent siderophore receptor  22.6 
 
 		 796 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  23.97 
 
 		 706 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  33.66 
 
 		 661 aa  92.8  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  23.83 
 
 		 706 aa  93.2  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1786  TonB-dependent heme receptor  21.12 
 
 		 718 aa  92  3e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 700 aa  90.9  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 700 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0833  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 411 aa  89.4  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0977  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 411 aa  89.4  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  24.12 
 
 		 722 aa  89.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0398  ferrichrome-iron receptor  20.99 
 
 		 698 aa  89.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 700 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 700 aa  89  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  21.97 
 
 		 779 aa  89  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0416  ferrichrome-iron receptor  21.03 
 
 		 696 aa  88.6  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345861 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0458  ferrichrome-iron receptor  20.99 
 
 		 696 aa  88.2  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000766311 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  24.32 
 
 		 795 aa  87.8  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0404  ferrichrome-iron receptor  20.99 
 
 		 696 aa  87.4  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000262521 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0879  TonB-dependent siderophore receptor  23.06 
 
 		 855 aa  87.4  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.136442  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1361  TonB-dependent siderophore receptor  23.06 
 
 		 855 aa  87.4  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.586931  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.01 
 
 		 728 aa  86.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3258  TonB-dependent siderophore receptor  21.6 
 
 		 736 aa  86.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.875335  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1126  TonB-dependent siderophore receptor  23.91 
 
 		 708 aa  86.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.984983  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0395  ferrichrome-iron receptor  20.86 
 
 		 696 aa  85.5  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.458077  hitchhiker  0.000000000000143872 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  32.58 
 
 		 695 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0229  putative TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 795 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 706 aa  84  0.000000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 706 aa  84  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  23.58 
 
 		 722 aa  83.6  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.08 
 
 		 681 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  21.87 
 
 		 719 aa  83.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4504  TonB-dependent siderophore receptor  22.83 
 
 		 858 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.198405  normal  0.487097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>