40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0948 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0948  TonB-dependent receptor domain-containing protein  100 
 
 		 691 aa  1428    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.915378  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0923  TonB-dependent receptor  39.77 
 
 		 684 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.854225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3564  TonB-dependent receptor  39.86 
 
 		 684 aa  485  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000148134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3439  TonB-dependent receptor  39.39 
 
 		 684 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.587459  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3367  TonB-dependent receptor  39.19 
 
 		 684 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.238056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0973  TonB-dependent receptor  39.66 
 
 		 683 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00145441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0935  TonB-dependent receptor  39.22 
 
 		 683 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000201333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0937  TonB-dependent receptor  40.26 
 
 		 683 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0939  TonB-dependent receptor  38.1 
 
 		 683 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0878917  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1102  TonB-dependent receptor domain-containing protein  38.21 
 
 		 683 aa  438  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 751 aa  173  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 730 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  25.77 
 
 		 737 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 729 aa  161  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 727 aa  158  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 727 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0445  TonB-dependent receptor  21.18 
 
 		 734 aa  103  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000342866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3109  TonB-dependent receptor  21.15 
 
 		 738 aa  100  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242785  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2540  hypothetical protein  21.14 
 
 		 601 aa  99  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.600129  normal  0.687458 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 747 aa  91.7  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0878  TonB-dependent receptor  20.62 
 
 		 773 aa  85.9  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0508  TonB-dependent receptor  21.72 
 
 		 764 aa  84.7  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.786517  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4270  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 880 aa  70.1  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.156647  decreased coverage  0.00504276 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  22.75 
 
 		 616 aa  52  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  23.14 
 
 		 687 aa  52  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 861 aa  48.1  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 861 aa  48.5  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 861 aa  48.1  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 847 aa  46.2  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  22.01 
 
 		 774 aa  46.2  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  22.01 
 
 		 774 aa  45.8  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 634 aa  45.8  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  22.01 
 
 		 774 aa  45.8  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 635 aa  45.8  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  22.01 
 
 		 774 aa  44.7  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  22.87 
 
 		 688 aa  44.3  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 861 aa  43.9  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 653 aa  43.9  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 861 aa  43.9  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 861 aa  43.9  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>