22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2540 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2540  hypothetical protein  100 
 
 		 601 aa  1231    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.600129  normal  0.687458 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0923  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 684 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.854225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3367  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 684 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.238056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3564  TonB-dependent receptor  23.37 
 
 		 684 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000148134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3439  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 684 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.587459  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0935  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 683 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000201333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0939  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 683 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0878917  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0973  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 683 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00145441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0937  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 683 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1102  TonB-dependent receptor domain-containing protein  24.51 
 
 		 683 aa  112  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0948  TonB-dependent receptor domain-containing protein  21.14 
 
 		 691 aa  99  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.915378  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 730 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 729 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 751 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  27.5 
 
 		 737 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 727 aa  60.1  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 727 aa  60.1  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4270  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 880 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.156647  decreased coverage  0.00504276 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0508  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 764 aa  48.5  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.786517  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0878  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 773 aa  45.8  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 747 aa  45.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3663  hypothetical protein  25.74 
 
 		 722 aa  44.3  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.793757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>