More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3742 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4171  hypothetical protein  92.47 
 
 		 704 aa  1318    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3494  TonB-dependent receptor plug  86.75 
 
 		 715 aa  1263    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3661  hypothetical protein  61.25 
 
 		 702 aa  870    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4209  TonB-dependent receptor  70.9 
 
 		 707 aa  1026    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3742  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 715 aa  1471    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1697  TonB-dependent receptor, plug  93.04 
 
 		 704 aa  1339    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43650  hypothetical protein  61.22 
 
 		 705 aa  856    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00638923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1362  TonB-dependent receptor, plug  32.4 
 
 		 737 aa  325  2e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0352862  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3002  TonB-dependent receptor plug  29.18 
 
 		 668 aa  262  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.957092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3416  TonB-dependent receptor plug  28.59 
 
 		 684 aa  207  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.717717  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 643 aa  201  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 678 aa  192  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 714 aa  186  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  41.27 
 
 		 679 aa  167  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  45.75 
 
 		 670 aa  167  9e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0552  TonB-dependent receptor, plug  37 
 
 		 653 aa  151  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2036  TonB-dependent receptor  45.9 
 
 		 687 aa  149  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 710 aa  117  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 715 aa  116  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  24.74 
 
 		 642 aa  112  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  22.47 
 
 		 678 aa  103  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  28.1 
 
 		 676 aa  99.4  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  29.61 
 
 		 667 aa  99.4  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  34.25 
 
 		 680 aa  99.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  36.22 
 
 		 718 aa  95.9  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0769  TonB-dependent receptor, plug  33.53 
 
 		 687 aa  95.1  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 710 aa  94.4  6e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0123  TonB-dependent receptor plug  37.85 
 
 		 670 aa  93.6  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  33.1 
 
 		 615 aa  92.8  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  36.9 
 
 		 662 aa  90.1  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 		 637 aa  86.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0777  TonB-dependent receptor plug  36.09 
 
 		 645 aa  85.5  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  32.58 
 
 		 602 aa  84.3  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  32.26 
 
 		 659 aa  84  0.000000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  30.7 
 
 		 641 aa  83.2  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  24.78 
 
 		 617 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1992  TonB-dependent receptor, plug  35.03 
 
 		 671 aa  83.6  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  36.48 
 
 		 616 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 762 aa  83.6  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  29.41 
 
 		 618 aa  82.8  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  32.02 
 
 		 713 aa  82.4  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  36.5 
 
 		 688 aa  81.3  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1982  TonB-dependent receptor, plug  35.29 
 
 		 809 aa  80.5  0.00000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.18 
 
 		 1023 aa  80.1  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  33.52 
 
 		 617 aa  80.1  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  32.77 
 
 		 628 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 626 aa  79  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  31.43 
 
 		 893 aa  79  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 626 aa  79  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  34.44 
 
 		 1128 aa  78.6  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  22.33 
 
 		 699 aa  78.2  0.0000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37020  outer membrane receptor FepA  22.84 
 
 		 746 aa  77.8  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145193  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  32.41 
 
 		 638 aa  76.6  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  22.39 
 
 		 652 aa  76.6  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 		 705 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  27.32 
 
 		 611 aa  75.9  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  34.91 
 
 		 668 aa  75.5  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  26.67 
 
 		 597 aa  75.5  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  31.12 
 
 		 628 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2789  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 675 aa  75.5  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  25.73 
 
 		 615 aa  74.7  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 869 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0510  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  21.81 
 
 		 680 aa  74.7  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.382474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  32.64 
 
 		 946 aa  74.3  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 611 aa  74.3  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.99 
 
 		 631 aa  74.3  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  30.43 
 
 		 655 aa  74.3  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  30.6 
 
 		 695 aa  74.3  0.000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 658 aa  73.9  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 		 682 aa  73.9  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  23.14 
 
 		 617 aa  73.9  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  22.12 
 
 		 828 aa  73.6  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  32.98 
 
 		 613 aa  73.2  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  35.11 
 
 		 679 aa  73.6  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 634 aa  73.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 662 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37010  outer membrane receptor FepA  23.44 
 
 		 757 aa  73.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0110447  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  30.48 
 
 		 686 aa  72.8  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 593 aa  73.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.88 
 
 		 631 aa  72.8  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  31.67 
 
 		 836 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.28 
 
 		 614 aa  72  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.28 
 
 		 614 aa  72  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.28 
 
 		 614 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  32.68 
 
 		 646 aa  72.4  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  28.8 
 
 		 639 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  33.17 
 
 		 655 aa  72  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  27.32 
 
 		 678 aa  72  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 662 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 731 aa  72  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.28 
 
 		 614 aa  72  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 661 aa  72  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  31.65 
 
 		 613 aa  72  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.28 
 
 		 614 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 665 aa  72.4  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  28.26 
 
 		 622 aa  71.6  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.11 
 
 		 631 aa  71.6  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  31.36 
 
 		 665 aa  71.6  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 729 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1231  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 678 aa  71.2  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>