More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5700 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  508  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  75.7 
 
 		 224 aa  351  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  75.23 
 
 		 224 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  52.07 
 
 		 222 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  50.23 
 
 		 222 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  47.34 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  37.2 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 236 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 235 aa  134  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 247 aa  133  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  38 
 
 		 237 aa  133  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  38.54 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  35.1 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 241 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 255 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  34.39 
 
 		 236 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  35.44 
 
 		 230 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  33.66 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 227 aa  110  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  33.16 
 
 		 234 aa  108  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 253 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  34.8 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 235 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 235 aa  99.4  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.5 
 
 		 226 aa  99  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 251 aa  95.9  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 221 aa  95.1  9e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  31.75 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.85 
 
 		 220 aa  93.2  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.85 
 
 		 220 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 220 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.85 
 
 		 220 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.85 
 
 		 220 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.85 
 
 		 220 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.85 
 
 		 220 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.85 
 
 		 220 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  30.85 
 
 		 220 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.34 
 
 		 225 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.34 
 
 		 225 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.34 
 
 		 225 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.34 
 
 		 225 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.85 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 220 aa  86.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  25.71 
 
 		 226 aa  85.9  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  30.58 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  26.32 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  26.13 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  25 
 
 		 214 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  26.89 
 
 		 226 aa  72.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 267 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 255 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  25.21 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 217 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 211 aa  68.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 238 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  26.73 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  26.29 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  25.74 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>