More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4402 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 223 aa  436  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  40.2 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 245 aa  128  9.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  33.95 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 244 aa  108  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  33.03 
 
 		 245 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 235 aa  105  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.5 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.5 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 235 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  33.66 
 
 		 246 aa  101  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.27 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.27 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.27 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.27 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.82 
 
 		 225 aa  99  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 239 aa  95.5  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 241 aa  93.6  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 247 aa  93.6  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 237 aa  93.6  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 260 aa  92.8  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 235 aa  92.4  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.86 
 
 		 226 aa  92.4  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  30.81 
 
 		 226 aa  92  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 219 aa  92  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.96 
 
 		 220 aa  92  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.96 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.96 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.96 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.96 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.96 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  30.96 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.96 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 224 aa  88.2  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 224 aa  88.2  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 236 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 234 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  26.6 
 
 		 219 aa  85.9  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  30 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  28.5 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 220 aa  83.2  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  34.68 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  29.09 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  28.97 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  26.96 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  29.91 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  29.68 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 221 aa  78.2  0.00000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3643  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.352701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0882  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20136  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1812  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.515993  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  27.59 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4215  transcriptional regulator, GntR family  35.47 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.162899  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.73 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  34.7 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 221 aa  75.5  0.0000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  29.44 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 216 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  25.98 
 
 		 214 aa  73.2  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>