More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2875 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  100 
 
 		 231 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  98.27 
 
 		 231 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  98.7 
 
 		 266 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  65.62 
 
 		 226 aa  310  1e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  61.11 
 
 		 225 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  61.11 
 
 		 225 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  61.11 
 
 		 225 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  61.11 
 
 		 225 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.82 
 
 		 225 aa  262  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.81 
 
 		 220 aa  261  8.999999999999999e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  59.81 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  59.81 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  59.81 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.81 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.81 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.81 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.81 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  59.81 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  36 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 235 aa  142  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  39.5 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  37.98 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  38.24 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 235 aa  131  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 245 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  32.85 
 
 		 225 aa  128  8.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 219 aa  128  8.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  37.38 
 
 		 227 aa  128  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 244 aa  128  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 219 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  35.89 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 236 aa  118  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 255 aa  118  7.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  31.84 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 222 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  38.96 
 
 		 214 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  32.5 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 246 aa  108  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 242 aa  108  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 241 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 249 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 249 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 247 aa  99.4  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 251 aa  97.8  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  30.05 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 257 aa  93.2  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 262 aa  91.7  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 		 257 aa  89.4  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.29 
 
 		 215 aa  86.7  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  30.91 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 223 aa  81.6  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2490  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  27.18 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 227 aa  78.2  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  29 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  27.83 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 262 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 245 aa  75.1  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  27.52 
 
 		 263 aa  75.1  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  27.98 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  25.85 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  27.41 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>