More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4523 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 217 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  71.83 
 
 		 244 aa  304  8.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  71.83 
 
 		 226 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 215 aa  162  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 227 aa  142  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 246 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 248 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 		 226 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 280 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  43.95 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 236 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 236 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 221 aa  128  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  37.24 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 236 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 236 aa  124  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 236 aa  124  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 236 aa  124  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 249 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 245 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 227 aa  118  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 251 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  36.28 
 
 		 234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 244 aa  116  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 226 aa  115  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 262 aa  109  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 219 aa  107  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  37.88 
 
 		 215 aa  106  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 222 aa  105  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.43 
 
 		 224 aa  102  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 222 aa  100  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  32.65 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 234 aa  98.6  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.79 
 
 		 221 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  32.69 
 
 		 238 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 237 aa  96.7  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.89 
 
 		 221 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.89 
 
 		 221 aa  95.5  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 		 221 aa  95.1  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.89 
 
 		 221 aa  95.1  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 226 aa  95.1  7e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.89 
 
 		 221 aa  95.1  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.37 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 216 aa  93.6  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 228 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  30.37 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  27.81 
 
 		 221 aa  92.4  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 218 aa  92.4  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 243 aa  92.4  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 240 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 225 aa  91.7  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 247 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  30.24 
 
 		 219 aa  91.3  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  90.9  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 220 aa  90.9  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 216 aa  91.3  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 216 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3588  transcriptional regulator, GntR family  35.09 
 
 		 226 aa  89.7  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 248 aa  89  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 214 aa  89  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 230 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 267 aa  88.2  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 216 aa  87.8  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 248 aa  87.4  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  27.81 
 
 		 226 aa  86.7  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.79 
 
 		 221 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 238 aa  87  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 235 aa  86.3  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.79 
 
 		 221 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.79 
 
 		 221 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 263 aa  85.9  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.79 
 
 		 221 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.79 
 
 		 221 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0882  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 235 aa  85.5  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20136  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  31.48 
 
 		 235 aa  85.5  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 230 aa  85.1  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  29.08 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  25.35 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>