More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2333 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  99.16 
 
 		 238 aa  483  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  98.74 
 
 		 238 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  95.28 
 
 		 234 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  87.39 
 
 		 239 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 241 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  88.94 
 
 		 232 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  87.56 
 
 		 240 aa  407  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  84.26 
 
 		 240 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  91.04 
 
 		 240 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  87.05 
 
 		 240 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  58.41 
 
 		 231 aa  259  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  58.41 
 
 		 230 aa  258  7e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  59.91 
 
 		 232 aa  257  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  55.19 
 
 		 234 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 239 aa  236  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 226 aa  231  9e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 256 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  51.8 
 
 		 235 aa  226  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  52.02 
 
 		 258 aa  224  6e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  52.02 
 
 		 255 aa  224  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  52.02 
 
 		 255 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  53.15 
 
 		 239 aa  224  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  52.02 
 
 		 255 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  52.02 
 
 		 255 aa  224  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 262 aa  224  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 262 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 262 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 238 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  52.25 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  48.85 
 
 		 237 aa  216  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 233 aa  215  5e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 220 aa  209  3e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 222 aa  208  7e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 220 aa  205  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 220 aa  205  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 229 aa  204  7e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 222 aa  202  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 234 aa  202  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  50.24 
 
 		 214 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  48.84 
 
 		 220 aa  191  7e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  50.24 
 
 		 218 aa  191  8e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  46.31 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 250 aa  162  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 235 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 229 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 245 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 225 aa  118  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 235 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  34.34 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  34.34 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  32.83 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  36.71 
 
 		 233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 235 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 230 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.13 
 
 		 231 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  32.48 
 
 		 237 aa  106  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 229 aa  105  8e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  41.01 
 
 		 215 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.43 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 229 aa  102  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 232 aa  102  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 226 aa  102  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.42 
 
 		 238 aa  102  7e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 218 aa  101  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  99.8  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 230 aa  99.4  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 231 aa  99  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 		 217 aa  98.2  9e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 238 aa  98.2  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 242 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 229 aa  97.1  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  35 
 
 		 263 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31590  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 		 244 aa  96.7  3e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  38 
 
 		 217 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 223 aa  95.9  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 263 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>