More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3933 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 236 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  74.35 
 
 		 235 aa  325  4.0000000000000003e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  40.27 
 
 		 238 aa  160  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  41.67 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  42.79 
 
 		 237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 236 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 243 aa  144  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 260 aa  142  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.73 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.59 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.59 
 
 		 266 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 255 aa  138  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.5 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  39.09 
 
 		 246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  37.75 
 
 		 225 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 219 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.58 
 
 		 225 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.58 
 
 		 225 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.58 
 
 		 225 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.58 
 
 		 225 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 246 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 246 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 219 aa  128  9.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.58 
 
 		 220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  38.58 
 
 		 220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.58 
 
 		 220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.58 
 
 		 220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  31.96 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.58 
 
 		 220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.58 
 
 		 220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 241 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.58 
 
 		 220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  38.58 
 
 		 220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  38.73 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  35.81 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 244 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  36.23 
 
 		 222 aa  124  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.07 
 
 		 220 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  34.26 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  41.84 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  38.21 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 245 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  36.06 
 
 		 222 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 247 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 245 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  35.35 
 
 		 234 aa  118  7e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 219 aa  112  5e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 221 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 242 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  37.32 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  37.32 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 262 aa  105  8e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  28.23 
 
 		 235 aa  93.6  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  27.94 
 
 		 214 aa  91.7  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 235 aa  89.4  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 209 aa  87.8  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 215 aa  86.3  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 225 aa  85.5  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 		 218 aa  85.1  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  32.13 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4266  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 232 aa  79  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.19 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 233 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 241 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8629  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  29.48 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  28.51 
 
 		 237 aa  75.1  0.0000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 211 aa  75.1  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  29.5 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>