More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2536 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
242 aa  486  1e-136  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  43.81 
 
 
245 aa  123  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
235 aa  115  8.999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 
214 aa  99  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 
231 aa  97.8  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
262 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
232 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
211 aa  96.3  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 
223 aa  95.5  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
256 aa  93.6  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
238 aa  93.6  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 
231 aa  93.2  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
242 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.29 
 
 
228 aa  93.6  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 
229 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
242 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
255 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
255 aa  93.2  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
235 aa  92.8  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.26 
 
 
237 aa  92.8  5e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  34.4 
 
 
218 aa  92.4  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 
211 aa  92.4  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
211 aa  92.4  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
230 aa  92  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
262 aa  92  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
262 aa  92  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
255 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
255 aa  91.7  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 
258 aa  91.7  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 
221 aa  91.3  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 
236 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
267 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
241 aa  91.3  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
230 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 
222 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  34.38 
 
 
244 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
211 aa  90.9  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
233 aa  90.9  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
265 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.11 
 
 
229 aa  89.7  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 
232 aa  89.7  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  31.84 
 
 
226 aa  89.4  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
230 aa  89  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 
229 aa  89  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
232 aa  89  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
231 aa  89  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
231 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
241 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  38.37 
 
 
228 aa  87.8  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
247 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
229 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
229 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
260 aa  87  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
242 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 
242 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
242 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
233 aa  87.4  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 
223 aa  86.7  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 
233 aa  86.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
235 aa  86.3  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 
237 aa  86.3  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
229 aa  85.9  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
213 aa  85.9  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
223 aa  85.9  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
223 aa  85.9  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 
225 aa  85.9  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  33.33 
 
 
226 aa  85.5  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  30.5 
 
 
239 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
236 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
245 aa  85.5  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  31.89 
 
 
220 aa  85.5  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  35.45 
 
 
238 aa  85.5  8e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
214 aa  85.1  9e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
241 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
211 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
223 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
223 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  35.18 
 
 
245 aa  84.3  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  26.67 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
255 aa  83.6  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
223 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
235 aa  83.6  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
235 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
219 aa  83.2  0.000000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
223 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 
224 aa  83.2  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
240 aa  82.8  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
229 aa  82.8  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 
251 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
212 aa  83.2  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
244 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 
215 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
240 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
233 aa  82  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>