More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3023 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  476  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  42.58 
 
 		 238 aa  161  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  42.57 
 
 		 239 aa  159  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  43.27 
 
 		 237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  42.57 
 
 		 246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 235 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  42.27 
 
 		 236 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 		 224 aa  144  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  38.43 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  37.26 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  37.93 
 
 		 222 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 219 aa  138  8.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 235 aa  136  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  40.09 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 243 aa  131  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 255 aa  130  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 241 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.3 
 
 		 220 aa  128  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.3 
 
 		 220 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  39.3 
 
 		 220 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  39.3 
 
 		 220 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.3 
 
 		 220 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.3 
 
 		 220 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.3 
 
 		 220 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.3 
 
 		 220 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.3 
 
 		 220 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.41 
 
 		 225 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.41 
 
 		 225 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.41 
 
 		 225 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.41 
 
 		 225 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 235 aa  125  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 262 aa  125  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.92 
 
 		 225 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  41.62 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  41.62 
 
 		 249 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 241 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  37.06 
 
 		 231 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 251 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.55 
 
 		 266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.55 
 
 		 231 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  35.58 
 
 		 245 aa  118  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.68 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 253 aa  115  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 242 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 221 aa  112  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  32.66 
 
 		 234 aa  111  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  33.82 
 
 		 235 aa  111  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  31.75 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 220 aa  104  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  33.51 
 
 		 226 aa  97.8  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  30.69 
 
 		 214 aa  96.3  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 219 aa  96.3  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 222 aa  92.8  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  31.28 
 
 		 222 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  30.99 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4266  transcriptional regulator, GntR family  32.55 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  30.97 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0496  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.118787  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0311  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 202 aa  76.3  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  28.97 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 268 aa  75.5  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  28.08 
 
 		 223 aa  75.1  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  27.93 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1760  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 222 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298302  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1741  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 222 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00122783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 247 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  27.93 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1807  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 222 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.521171 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4366  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.88 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>