More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5583 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  59.91 
 
 		 241 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 243 aa  279  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 246 aa  169  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 260 aa  156  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 220 aa  149  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  38.6 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  39.62 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 		 235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 235 aa  132  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  40.2 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  38.39 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  36.24 
 
 		 236 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  34.47 
 
 		 222 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  39.32 
 
 		 245 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  36.97 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  35.75 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 247 aa  122  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 236 aa  122  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 244 aa  118  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 222 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  33.17 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  32.88 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 235 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 219 aa  112  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  31.65 
 
 		 234 aa  106  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  39.9 
 
 		 249 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  39.9 
 
 		 249 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 253 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.58 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 220 aa  103  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 221 aa  102  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 266 aa  101  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 231 aa  101  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 		 219 aa  101  9e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.1 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.1 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  31.1 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  30.62 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  29.9 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.4 
 
 		 226 aa  95.9  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 251 aa  94  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 223 aa  93.6  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 242 aa  93.6  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 219 aa  90.1  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  28.08 
 
 		 214 aa  90.1  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 248 aa  89.4  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  30.97 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0882  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 235 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20136  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0496  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.118787  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  26 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 219 aa  79  0.00000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  26.07 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 240 aa  77  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 216 aa  75.9  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 221 aa  75.5  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 206 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  29.46 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  27.67 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>