More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4641 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 249 aa  494  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 249 aa  494  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  79.91 
 
 		 242 aa  341  8e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 253 aa  289  3e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 262 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 235 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  52.88 
 
 		 237 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  58.57 
 
 		 247 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  51.69 
 
 		 239 aa  199  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  52.91 
 
 		 251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 244 aa  180  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 235 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  39.35 
 
 		 246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 255 aa  132  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  38.32 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 243 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  35.85 
 
 		 222 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 219 aa  122  7e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  37.26 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  35.6 
 
 		 234 aa  119  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 260 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 241 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.87 
 
 		 225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.87 
 
 		 225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.87 
 
 		 225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.87 
 
 		 225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 246 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 227 aa  112  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 226 aa  112  5e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  37.56 
 
 		 236 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  33.04 
 
 		 224 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.36 
 
 		 225 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 247 aa  112  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  35.65 
 
 		 245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  32.59 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  108  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 235 aa  108  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.35 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  35.35 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  35.35 
 
 		 220 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  35.86 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.33 
 
 		 231 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.83 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.65 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  38.85 
 
 		 235 aa  96.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 219 aa  92  8e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  30.35 
 
 		 214 aa  91.3  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  29.36 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  28.71 
 
 		 225 aa  86.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 220 aa  85.5  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 221 aa  85.5  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 222 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 223 aa  72  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  33.13 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8629  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  35.4 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 217 aa  68.6  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  27.54 
 
 		 254 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4647  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 233 aa  67.4  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  31.02 
 
 		 233 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 242 aa  67  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5785  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 231 aa  67  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.827146  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  28.99 
 
 		 220 aa  67  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  30.91 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  26.02 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>