More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2126 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 215 aa  427  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  78.6 
 
 		 211 aa  331  5e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  78.04 
 
 		 211 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2806  GntR family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 215 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155753  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  74.42 
 
 		 211 aa  316  1e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  73.95 
 
 		 211 aa  315  3e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  73.36 
 
 		 211 aa  311  5.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  69.77 
 
 		 211 aa  291  5e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3397  GntR family transcriptional regulator  72.86 
 
 		 211 aa  264  8.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00851285  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  66.19 
 
 		 232 aa  257  8e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1013  GntR family transcriptional regulator  65.55 
 
 		 232 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.475037  normal  0.972264 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  55.71 
 
 		 223 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  53.11 
 
 		 212 aa  218  7.999999999999999e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  52.4 
 
 		 212 aa  211  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  51.44 
 
 		 233 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  45.5 
 
 		 222 aa  169  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 244 aa  168  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  43.43 
 
 		 223 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 223 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 233 aa  164  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 222 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 222 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  43.43 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  38.19 
 
 		 238 aa  116  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  37.95 
 
 		 237 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 226 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 229 aa  111  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 		 241 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  32.84 
 
 		 226 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  39.6 
 
 		 237 aa  108  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  108  6e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 239 aa  108  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  35.42 
 
 		 223 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 231 aa  107  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 235 aa  107  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 241 aa  105  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 254 aa  105  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 224 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 232 aa  102  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 255 aa  102  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 		 263 aa  102  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 242 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 		 229 aa  101  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  30.24 
 
 		 225 aa  101  8e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 238 aa  101  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 228 aa  101  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  33.66 
 
 		 263 aa  99.8  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 234 aa  99.8  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 284 aa  99.8  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  37.25 
 
 		 233 aa  98.6  6e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 		 226 aa  98.6  6e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  34.95 
 
 		 239 aa  98.6  7e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 224 aa  98.6  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 230 aa  98.2  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 230 aa  98.6  7e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 229 aa  98.2  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 274 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 262 aa  97.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 239 aa  97.1  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 223 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 255 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 255 aa  96.7  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 231 aa  96.3  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 237 aa  95.9  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  95.9  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 228 aa  95.9  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 219 aa  95.9  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 255 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4366  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 222 aa  95.5  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 255 aa  95.5  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 223 aa  95.5  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 258 aa  95.5  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  39.11 
 
 		 233 aa  95.5  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  29.27 
 
 		 230 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 222 aa  95.1  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 229 aa  95.5  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 226 aa  95.5  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>