More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2783 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  100 
 
 		 266 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  98.7 
 
 		 231 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  98.7 
 
 		 231 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  66.82 
 
 		 226 aa  311  1e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  60.19 
 
 		 225 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  60.19 
 
 		 225 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  60.19 
 
 		 225 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  60.19 
 
 		 225 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.9 
 
 		 225 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.88 
 
 		 220 aa  255  6e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  58.88 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  58.88 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  58.88 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.88 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.88 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.88 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.88 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  58.88 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  35.84 
 
 		 234 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  39.59 
 
 		 236 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  38.73 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  36.61 
 
 		 239 aa  133  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 235 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 245 aa  129  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  36.97 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  32.85 
 
 		 225 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 219 aa  125  5e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 235 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 236 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 219 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 260 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  31.39 
 
 		 226 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 243 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  38.96 
 
 		 214 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 242 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  32.5 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 246 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 230 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 246 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 220 aa  106  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 245 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 224 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 241 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 223 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 253 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 247 aa  99  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 251 aa  99  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 257 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 221 aa  98.2  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  30.05 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  30.84 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 262 aa  91.3  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 224 aa  89  7e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 233 aa  85.5  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2490  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  25.82 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 223 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 263 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 227 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  28.97 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  27.92 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  29 
 
 		 224 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  26.57 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 219 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 219 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  27.98 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  28.7 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>