More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5982 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  74.35 
 
 		 236 aa  341  7e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  40.55 
 
 		 238 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 243 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  40.89 
 
 		 239 aa  148  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.71 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.71 
 
 		 266 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.71 
 
 		 231 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  39.61 
 
 		 226 aa  138  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  40.27 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 		 241 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 235 aa  134  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  37.56 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 241 aa  129  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 219 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 260 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  37.26 
 
 		 222 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 246 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  42.77 
 
 		 246 aa  124  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  35.55 
 
 		 222 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.8 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.29 
 
 		 220 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 220 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.29 
 
 		 220 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.29 
 
 		 220 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 235 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  35.29 
 
 		 220 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.29 
 
 		 220 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.29 
 
 		 220 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.29 
 
 		 220 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.31 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.31 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.31 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.31 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 224 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.8 
 
 		 220 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  36.28 
 
 		 226 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  34.58 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  32.08 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 221 aa  115  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 247 aa  115  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 247 aa  115  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  34.55 
 
 		 234 aa  113  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 251 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  39.3 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 220 aa  109  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 219 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 253 aa  105  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  38.86 
 
 		 249 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  38.86 
 
 		 249 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 245 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 262 aa  99.8  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  29.41 
 
 		 214 aa  97.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  30 
 
 		 235 aa  95.9  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 245 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 242 aa  89.7  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 235 aa  89.7  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 225 aa  85.5  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  34.31 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 232 aa  81.3  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 227 aa  78.2  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  24.15 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  26.46 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 251 aa  75.5  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5932  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733777  normal  0.0408892 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4647  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 253 aa  73.2  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 226 aa  72  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 211 aa  72  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 240 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 238 aa  71.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 229 aa  71.2  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>