More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0278 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 265 aa  492  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  42.03 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 227 aa  109  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  37.86 
 
 		 232 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  37.38 
 
 		 240 aa  106  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  36.45 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  35.05 
 
 		 218 aa  105  9e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 219 aa  102  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 260 aa  102  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 256 aa  102  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  37.62 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1030  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal  0.150605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 228 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 234 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 240 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 229 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 226 aa  99.4  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 241 aa  99  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  36.45 
 
 		 240 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 230 aa  97.4  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 224 aa  96.7  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 232 aa  96.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  38.5 
 
 		 216 aa  96.3  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 245 aa  95.5  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 233 aa  95.1  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 262 aa  94.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 228 aa  95.1  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 229 aa  94.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 		 229 aa  92.8  6e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 262 aa  92.4  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  38 
 
 		 216 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  35.55 
 
 		 231 aa  92  9e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 231 aa  92  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 235 aa  91.7  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 252 aa  91.3  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 		 227 aa  91.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  33.65 
 
 		 237 aa  91.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  33 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 218 aa  90.9  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 241 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 234 aa  90.5  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 226 aa  90.1  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 213 aa  90.1  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  40.1 
 
 		 237 aa  89.7  4e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 219 aa  89.4  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 225 aa  89.4  6e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 223 aa  89  8e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 396 aa  89  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 229 aa  88.6  9e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 230 aa  88.2  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 234 aa  88.2  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  36.96 
 
 		 251 aa  88.6  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 255 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  35.16 
 
 		 227 aa  87.8  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 238 aa  87.8  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1978  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  35.9 
 
 		 258 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  35.24 
 
 		 239 aa  87.8  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 255 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 231 aa  87  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 231 aa  87  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 235 aa  86.7  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 240 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 256 aa  86.3  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 221 aa  86.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 230 aa  86.3  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  35.6 
 
 		 217 aa  86.3  5e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1568  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 219 aa  85.5  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 236 aa  85.5  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 231 aa  85.5  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 220 aa  85.9  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 222 aa  85.5  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  37.7 
 
 		 233 aa  85.5  8e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 229 aa  85.5  9e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  38.42 
 
 		 217 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.29 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 223 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 255 aa  85.1  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>