More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_5647 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
219 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
219 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  99.06 
 
 
213 aa  417  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  92.96 
 
 
213 aa  393  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  34.8 
 
 
226 aa  138  7.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  36.06 
 
 
225 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  34.34 
 
 
226 aa  122  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
223 aa  121  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  37.11 
 
 
222 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
230 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
206 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
267 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  37.07 
 
 
232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  36.6 
 
 
222 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
230 aa  112  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
233 aa  112  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
223 aa  112  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
223 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
223 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
217 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
223 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 
228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
226 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
226 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  32.35 
 
 
224 aa  107  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
226 aa  107  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 
223 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
223 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
223 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
240 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
245 aa  107  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
223 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
235 aa  106  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
229 aa  105  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  31.03 
 
 
227 aa  104  9e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 
232 aa  104  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  36.98 
 
 
226 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
237 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
236 aa  102  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
234 aa  102  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
229 aa  101  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
235 aa  100  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
225 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 
234 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
231 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
239 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 
221 aa  98.6  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
232 aa  98.6  6e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
214 aa  98.2  8e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 
239 aa  98.2  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
222 aa  97.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 
226 aa  97.8  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
229 aa  97.1  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
254 aa  96.3  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
257 aa  96.3  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  29.17 
 
 
224 aa  96.7  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
222 aa  96.3  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 
228 aa  95.9  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
223 aa  95.9  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
229 aa  95.9  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  34.7 
 
 
227 aa  95.5  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
229 aa  95.1  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  33.98 
 
 
229 aa  95.1  8e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
230 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  30.05 
 
 
217 aa  94.7  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
235 aa  94.4  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 
212 aa  94.4  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
232 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 
245 aa  94  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
212 aa  93.2  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  34.63 
 
 
210 aa  92.8  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
268 aa  93.2  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  32.61 
 
 
224 aa  93.2  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
213 aa  93.2  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
260 aa  92.8  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
229 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
245 aa  92.8  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
232 aa  92.8  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  26.11 
 
 
219 aa  92.4  5e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
213 aa  91.3  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  34.2 
 
 
251 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  33.95 
 
 
233 aa  90.5  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
230 aa  90.1  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
229 aa  90.5  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.8 
 
 
237 aa  90.5  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
223 aa  90.5  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
228 aa  90.1  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
230 aa  90.1  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  34.9 
 
 
222 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 
233 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4215  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 
222 aa  89.7  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.162899  normal  0.774443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>