More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0280 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  470  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 262 aa  345  4e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 262 aa  342  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 262 aa  342  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  73.89 
 
 		 255 aa  342  4e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  73.89 
 
 		 238 aa  342  4e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  73.89 
 
 		 255 aa  341  5e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  73.45 
 
 		 255 aa  340  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  73.45 
 
 		 258 aa  340  1e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  73.45 
 
 		 255 aa  340  1e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  69.96 
 
 		 241 aa  338  2.9999999999999998e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 256 aa  338  4e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  54.55 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  53.85 
 
 		 239 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 241 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  53.24 
 
 		 240 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 234 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  53.24 
 
 		 240 aa  217  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 238 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  52.8 
 
 		 240 aa  216  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 238 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  53.08 
 
 		 231 aa  215  5e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  53.37 
 
 		 238 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  52.13 
 
 		 230 aa  211  5.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  48.13 
 
 		 253 aa  207  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  49.08 
 
 		 234 aa  205  6e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 226 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  45.78 
 
 		 237 aa  188  7e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  47.71 
 
 		 232 aa  188  7e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 235 aa  187  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 239 aa  185  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  48.77 
 
 		 239 aa  179  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 220 aa  179  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  51.58 
 
 		 237 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 220 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 220 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  43.32 
 
 		 218 aa  170  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  44.5 
 
 		 214 aa  169  4e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  44.08 
 
 		 220 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 234 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  39.81 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 233 aa  122  6e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 250 aa  121  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 231 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 235 aa  113  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 		 209 aa  112  7.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  34.12 
 
 		 231 aa  111  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 235 aa  109  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.49 
 
 		 223 aa  106  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 226 aa  105  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 228 aa  105  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 267 aa  105  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 228 aa  105  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 242 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 219 aa  105  8e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  38.97 
 
 		 237 aa  105  9e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 219 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 		 227 aa  105  9e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 241 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 234 aa  102  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 242 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 229 aa  102  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 242 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  36.98 
 
 		 244 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 233 aa  102  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 229 aa  101  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 229 aa  101  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 233 aa  99.8  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 214 aa  100  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 237 aa  99.4  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 234 aa  99.4  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 241 aa  99.4  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 222 aa  99.4  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 235 aa  99.8  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 239 aa  99  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 223 aa  99  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 230 aa  99  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 265 aa  98.2  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  36.49 
 
 		 233 aa  98.2  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>