More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2286 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  95.22 
 
 		 239 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  89.04 
 
 		 241 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  88.84 
 
 		 234 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  88.94 
 
 		 238 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  88.94 
 
 		 238 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  89.38 
 
 		 238 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  84.72 
 
 		 240 aa  404  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  87.33 
 
 		 240 aa  400  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  91.16 
 
 		 240 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  90.7 
 
 		 240 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 253 aa  270  1e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  61.61 
 
 		 231 aa  266  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  61.14 
 
 		 230 aa  263  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  61.01 
 
 		 232 aa  261  6.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 234 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 239 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  57.28 
 
 		 256 aa  237  9e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  55.35 
 
 		 262 aa  236  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  57 
 
 		 255 aa  234  7e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 226 aa  234  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  57 
 
 		 258 aa  234  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  57 
 
 		 255 aa  234  8e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  57 
 
 		 255 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 262 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 262 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  57 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 238 aa  232  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  53.6 
 
 		 235 aa  228  9e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 233 aa  226  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  54.95 
 
 		 239 aa  223  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  52.8 
 
 		 237 aa  221  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 241 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  54.59 
 
 		 237 aa  216  4e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 220 aa  211  7e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 222 aa  210  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  50.46 
 
 		 220 aa  210  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 220 aa  209  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  49.77 
 
 		 222 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 234 aa  206  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 229 aa  204  8e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  51.67 
 
 		 214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  51.2 
 
 		 218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  49.77 
 
 		 220 aa  195  6e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  48.77 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 250 aa  167  9e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  122  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 225 aa  121  9e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 235 aa  118  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 230 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 226 aa  115  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 228 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 229 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 234 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  113  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 226 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 		 226 aa  113  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 229 aa  112  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 231 aa  109  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 223 aa  108  6e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 265 aa  108  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  41.57 
 
 		 215 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 231 aa  106  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.88 
 
 		 238 aa  105  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  33.78 
 
 		 223 aa  105  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 218 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 229 aa  105  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  105  9e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  37.07 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.56 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  37.04 
 
 		 217 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 230 aa  102  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 233 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 233 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 233 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 229 aa  101  8e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 226 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  38.03 
 
 		 219 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 		 217 aa  99.4  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 233 aa  99.8  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 223 aa  99.4  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 217 aa  99  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 212 aa  98.2  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  35.96 
 
 		 263 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 222 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  35.47 
 
 		 263 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 242 aa  96.3  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 227 aa  96.7  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>