More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1418 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  81.19 
 
 		 220 aa  379  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  82.03 
 
 		 220 aa  375  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  82.11 
 
 		 220 aa  367  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  82.55 
 
 		 214 aa  363  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  80.37 
 
 		 218 aa  358  3e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  76.71 
 
 		 222 aa  358  3e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  78.4 
 
 		 220 aa  352  2e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  56.05 
 
 		 239 aa  264  8e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 232 aa  257  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  51.43 
 
 		 230 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  51.16 
 
 		 240 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  50.23 
 
 		 231 aa  214  8e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  50.7 
 
 		 240 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  50 
 
 		 239 aa  210  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 234 aa  210  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  49.77 
 
 		 232 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 238 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 238 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 240 aa  207  7e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  50.96 
 
 		 234 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 241 aa  206  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  49.11 
 
 		 238 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  50 
 
 		 240 aa  205  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  49.54 
 
 		 235 aa  202  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  49.08 
 
 		 237 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 253 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  50.23 
 
 		 239 aa  194  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  52.79 
 
 		 237 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 262 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 262 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 238 aa  188  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 262 aa  187  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 226 aa  186  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 255 aa  185  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 255 aa  184  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 255 aa  184  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 255 aa  184  7e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  47.12 
 
 		 258 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 256 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 241 aa  180  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 233 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 229 aa  169  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 250 aa  143  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  39.71 
 
 		 233 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  36.08 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 239 aa  102  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.87 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.51 
 
 		 229 aa  98.2  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 230 aa  98.2  8e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 233 aa  97.4  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 235 aa  97.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  33.84 
 
 		 214 aa  96.3  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 231 aa  95.9  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 232 aa  95.5  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 229 aa  95.5  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 		 228 aa  95.5  6e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 226 aa  95.5  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 235 aa  94.7  9e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 228 aa  94.7  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 224 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 235 aa  93.6  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 228 aa  93.2  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 234 aa  92.8  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 215 aa  93.2  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 231 aa  92  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 223 aa  92  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 226 aa  92  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 239 aa  91.7  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 222 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 218 aa  89.7  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  29.56 
 
 		 230 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  28.7 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.7 
 
 		 230 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 251 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 218 aa  89  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  31.75 
 
 		 227 aa  89  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 240 aa  89  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 		 221 aa  88.6  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 230 aa  88.6  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.83 
 
 		 237 aa  88.2  8e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  33.92 
 
 		 216 aa  88.2  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  29.06 
 
 		 230 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  35.21 
 
 		 231 aa  87.8  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  29.25 
 
 		 231 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.81 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  35.08 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>