More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3298 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
226 aa  442  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  49.53 
 
 
244 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  50.97 
 
 
243 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 
226 aa  176  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  49.74 
 
 
239 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  51.47 
 
 
238 aa  169  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  48.06 
 
 
248 aa  167  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  48.54 
 
 
251 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  48.48 
 
 
221 aa  162  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  41.15 
 
 
223 aa  162  6e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  47.09 
 
 
237 aa  161  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  45.41 
 
 
231 aa  159  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
222 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  44.9 
 
 
228 aa  158  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  45.92 
 
 
242 aa  158  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  44.9 
 
 
230 aa  158  8e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  44.39 
 
 
237 aa  157  9e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  46.43 
 
 
220 aa  155  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  48.22 
 
 
223 aa  155  4e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  48.22 
 
 
223 aa  155  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
240 aa  153  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
217 aa  152  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  50.51 
 
 
218 aa  151  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
221 aa  150  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  43.37 
 
 
222 aa  149  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  44.08 
 
 
227 aa  149  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  48.33 
 
 
216 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  45.41 
 
 
230 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  42.49 
 
 
218 aa  145  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  47.72 
 
 
223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
224 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  43.41 
 
 
218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  47.69 
 
 
230 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  47.22 
 
 
224 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  42.42 
 
 
216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  41.97 
 
 
223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  41.41 
 
 
216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
221 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  41.41 
 
 
216 aa  126  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 
223 aa  124  9e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
231 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  39.49 
 
 
219 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  42.78 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 
231 aa  119  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
248 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
229 aa  116  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
240 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  37.95 
 
 
223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
227 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
232 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 
226 aa  113  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  33.33 
 
 
214 aa  112  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
229 aa  112  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
212 aa  111  8.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.2 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  33.18 
 
 
222 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  36.6 
 
 
218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 
223 aa  109  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
235 aa  109  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 
222 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
224 aa  108  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
222 aa  108  6e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
225 aa  108  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
235 aa  107  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 
212 aa  107  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  39.04 
 
 
237 aa  107  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  37.56 
 
 
230 aa  107  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  34.39 
 
 
226 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 
229 aa  106  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
219 aa  106  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
227 aa  107  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  37.56 
 
 
230 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  37.26 
 
 
226 aa  106  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 
221 aa  106  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  34.59 
 
 
229 aa  106  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  37.31 
 
 
241 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
234 aa  105  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 
225 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  40.44 
 
 
233 aa  105  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
218 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
225 aa  105  7e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
242 aa  105  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
240 aa  105  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
233 aa  104  9e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
239 aa  104  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
239 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
222 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
206 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
228 aa  103  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 
225 aa  102  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
222 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
211 aa  102  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  34.72 
 
 
222 aa  102  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
226 aa  101  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  42.78 
 
 
211 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
241 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1871  GntR family transcriptional regulator  42.78 
 
 
211 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
241 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>