More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3293 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 256 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  77.25 
 
 		 262 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  77.25 
 
 		 262 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 262 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 238 aa  362  3e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  75.97 
 
 		 255 aa  360  1e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  75.97 
 
 		 255 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  75.54 
 
 		 255 aa  359  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  75.54 
 
 		 255 aa  359  2e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  75.54 
 
 		 258 aa  359  2e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 233 aa  338  5e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  75.59 
 
 		 241 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  58.45 
 
 		 239 aa  238  8e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  57.28 
 
 		 232 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 240 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  54.5 
 
 		 238 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 234 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 238 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  57.56 
 
 		 241 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  55.45 
 
 		 240 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  53.88 
 
 		 240 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  56.04 
 
 		 240 aa  226  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 238 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  53.11 
 
 		 230 aa  215  5.9999999999999996e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  53.11 
 
 		 231 aa  214  8e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  49.77 
 
 		 234 aa  207  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 253 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 232 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 226 aa  199  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 235 aa  197  9e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 239 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  51.5 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 220 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 222 aa  181  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  45.45 
 
 		 218 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  44.71 
 
 		 214 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  47.06 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  46.67 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  44.55 
 
 		 220 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 234 aa  156  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  40.17 
 
 		 233 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 233 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 250 aa  128  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 228 aa  123  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 229 aa  123  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 225 aa  123  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  37.06 
 
 		 231 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 223 aa  115  5e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  41.15 
 
 		 237 aa  115  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 231 aa  115  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 230 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  38.22 
 
 		 244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.83 
 
 		 229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 235 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 245 aa  111  9e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 229 aa  109  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  37.37 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 263 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  38.61 
 
 		 233 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  34.17 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 265 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  36.65 
 
 		 230 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 209 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  34.18 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 274 aa  105  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 234 aa  105  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  105  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  36.2 
 
 		 230 aa  105  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 		 215 aa  105  9e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  37.16 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  38.68 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 232 aa  102  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 		 227 aa  103  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 227 aa  102  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 218 aa  102  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 227 aa  102  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 265 aa  102  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 223 aa  101  9e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 225 aa  102  9e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 		 226 aa  101  9e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 223 aa  101  9e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  35.5 
 
 		 225 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>