More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1856 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  100 
 
 		 214 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  86.73 
 
 		 218 aa  382  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  83.49 
 
 		 220 aa  377  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  83.89 
 
 		 222 aa  368  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  82.38 
 
 		 220 aa  364  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  82.55 
 
 		 222 aa  363  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  81.6 
 
 		 220 aa  360  1e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  79.72 
 
 		 220 aa  349  2e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 239 aa  257  9e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 232 aa  245  4e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 234 aa  211  3.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  50.71 
 
 		 235 aa  206  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  48.58 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  54.81 
 
 		 239 aa  203  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  48.11 
 
 		 231 aa  201  5e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 240 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  51.67 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  51.43 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  51.43 
 
 		 240 aa  198  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  51.69 
 
 		 239 aa  197  9e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 241 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  51.21 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 234 aa  195  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  50.23 
 
 		 237 aa  195  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 238 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 238 aa  194  9e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 238 aa  194  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  51.66 
 
 		 237 aa  191  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 226 aa  186  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 253 aa  185  5e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  46.63 
 
 		 258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 255 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 255 aa  181  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 262 aa  181  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 233 aa  169  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 229 aa  161  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 234 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  42 
 
 		 250 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  39 
 
 		 233 aa  138  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 225 aa  99.4  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  32.8 
 
 		 227 aa  98.6  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 		 229 aa  96.3  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 235 aa  96.7  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 235 aa  95.9  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 230 aa  95.9  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 226 aa  95.5  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 232 aa  94  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 229 aa  94.4  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 233 aa  93.6  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.66 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  31.28 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 234 aa  92.4  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 231 aa  92.4  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 230 aa  92  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 215 aa  91.7  7e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 216 aa  91.7  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 228 aa  91.3  9e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 214 aa  90.9  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 214 aa  90.1  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 229 aa  89.7  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 217 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 251 aa  89  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 223 aa  89  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 231 aa  88.2  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  88.2  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 230 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 228 aa  87.4  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 235 aa  87.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 221 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.29 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 218 aa  86.3  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 238 aa  86.3  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 233 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 226 aa  86.3  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 239 aa  85.9  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  30.24 
 
 		 255 aa  85.9  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  30.05 
 
 		 230 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 240 aa  85.1  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 		 231 aa  85.1  7e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 218 aa  85.1  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>