More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03369 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  100 
 
 
220 aa  450  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  76.5 
 
 
220 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  76.04 
 
 
220 aa  352  2e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  78.4 
 
 
222 aa  352  2e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  79.72 
 
 
214 aa  349  2e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  75.45 
 
 
220 aa  345  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  74.42 
 
 
222 aa  342  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  74.65 
 
 
218 aa  338  2.9999999999999998e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  57.21 
 
 
239 aa  253  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  56.54 
 
 
232 aa  241  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  49.07 
 
 
230 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  50.47 
 
 
234 aa  209  3e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  48.62 
 
 
231 aa  208  4e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  48.4 
 
 
235 aa  202  3e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  51.85 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  50.48 
 
 
240 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  50 
 
 
240 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  49.77 
 
 
232 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  49.77 
 
 
234 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  45.25 
 
 
226 aa  192  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  49.11 
 
 
239 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
238 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
238 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
238 aa  191  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  49.11 
 
 
240 aa  191  8e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  49.77 
 
 
237 aa  189  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  47.62 
 
 
237 aa  188  5.999999999999999e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  46.08 
 
 
240 aa  187  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  47.22 
 
 
241 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  48.56 
 
 
253 aa  185  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
262 aa  185  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
262 aa  185  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  45.37 
 
 
238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  44.91 
 
 
262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
255 aa  181  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
255 aa  181  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  45.71 
 
 
258 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
255 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
255 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  45.93 
 
 
241 aa  178  7e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  44.55 
 
 
256 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
229 aa  168  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  44.08 
 
 
233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
250 aa  141  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  41.29 
 
 
233 aa  135  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 
239 aa  101  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
223 aa  98.2  8e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  37.07 
 
 
221 aa  96.3  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
230 aa  96.3  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 
221 aa  95.5  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
251 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 
229 aa  94.4  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
239 aa  94  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  32.61 
 
 
227 aa  93.6  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
225 aa  92  6e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 
231 aa  90.9  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
218 aa  89.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 
231 aa  89.4  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  31.71 
 
 
237 aa  89.4  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  33.92 
 
 
216 aa  89  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 
228 aa  88.6  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 
223 aa  88.6  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 
229 aa  88.6  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
218 aa  88.2  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
233 aa  87  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
224 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 
209 aa  87  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
226 aa  86.7  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 
225 aa  85.9  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
226 aa  85.9  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
228 aa  85.9  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
232 aa  85.9  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
227 aa  85.5  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
230 aa  85.5  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
222 aa  85.1  8e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 
219 aa  84.7  9e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 
215 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 
229 aa  84  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
228 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 
231 aa  83.6  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 
233 aa  83.6  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  30.57 
 
 
231 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
222 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
237 aa  84  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 
224 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 
217 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  32.35 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
214 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
230 aa  82.4  0.000000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
244 aa  82  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  30.15 
 
 
214 aa  82  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  34.59 
 
 
239 aa  82  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
233 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 
230 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 
226 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>