More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_53920 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  100 
 
 
240 aa  484  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  98.75 
 
 
240 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  91.63 
 
 
239 aa  401  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  89.91 
 
 
234 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  85.9 
 
 
240 aa  400  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  87.05 
 
 
238 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  90.7 
 
 
232 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  86.34 
 
 
241 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  89.45 
 
 
238 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  87.05 
 
 
238 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  83.04 
 
 
240 aa  384  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  60.19 
 
 
231 aa  260  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  58.77 
 
 
253 aa  260  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  61.01 
 
 
232 aa  260  1e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  59.72 
 
 
230 aa  257  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  51.72 
 
 
239 aa  240  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  55.81 
 
 
234 aa  241  1e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  55.66 
 
 
226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  56.22 
 
 
239 aa  228  6e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  53.88 
 
 
256 aa  227  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  52.86 
 
 
235 aa  226  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  54.76 
 
 
262 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  53.7 
 
 
255 aa  224  8e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  53.7 
 
 
255 aa  224  8e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  53.08 
 
 
237 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  53.7 
 
 
258 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  53.7 
 
 
255 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  53.7 
 
 
255 aa  223  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  54.29 
 
 
262 aa  222  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  54.29 
 
 
262 aa  222  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  54.13 
 
 
237 aa  222  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  54.29 
 
 
238 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  53.55 
 
 
241 aa  218  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  53.24 
 
 
233 aa  217  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  51.16 
 
 
222 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  52.13 
 
 
229 aa  212  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  51.43 
 
 
220 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  51.66 
 
 
220 aa  209  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  51.9 
 
 
220 aa  208  5e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  52.86 
 
 
222 aa  207  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  47.89 
 
 
234 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  51.43 
 
 
214 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  50.48 
 
 
220 aa  196  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  50.95 
 
 
218 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  48.77 
 
 
233 aa  188  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  46.57 
 
 
250 aa  169  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
225 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 
235 aa  118  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
228 aa  116  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
235 aa  115  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
228 aa  115  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 
239 aa  115  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  35.92 
 
 
229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 
245 aa  112  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 
226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 
226 aa  112  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
235 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  35.92 
 
 
229 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  36.28 
 
 
233 aa  111  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
231 aa  110  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 
238 aa  108  7.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
233 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
233 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
233 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.3 
 
 
228 aa  107  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
230 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 
223 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
229 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
232 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
233 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  40.19 
 
 
229 aa  105  8e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
229 aa  104  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
218 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 
231 aa  102  5e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 
231 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
223 aa  102  7e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
231 aa  102  7e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
233 aa  101  9e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  41.11 
 
 
215 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
226 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  33.83 
 
 
238 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
222 aa  99  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
238 aa  99  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  28.85 
 
 
215 aa  98.6  7e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 
237 aa  98.2  9e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
265 aa  97.8  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
214 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 
263 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 
226 aa  95.5  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 
223 aa  95.5  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
223 aa  95.5  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 
217 aa  95.5  7e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 
223 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 
216 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
223 aa  94.7  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
219 aa  94.7  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>