More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0081 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  474  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  69.12 
 
 		 226 aa  299  3e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  66.82 
 
 		 220 aa  277  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  60 
 
 		 239 aa  250  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  58.8 
 
 		 221 aa  243  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  58.41 
 
 		 224 aa  240  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  59.35 
 
 		 221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  58.54 
 
 		 216 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  57.07 
 
 		 216 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  50.71 
 
 		 223 aa  226  3e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  57.56 
 
 		 216 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 251 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 218 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  52.53 
 
 		 223 aa  202  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  52.53 
 
 		 223 aa  202  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  57.28 
 
 		 218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  53.92 
 
 		 223 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 217 aa  192  3e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 222 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  50.24 
 
 		 230 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  44.5 
 
 		 237 aa  175  7e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  48.47 
 
 		 231 aa  174  8e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  47.45 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  47.45 
 
 		 230 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  47.45 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  51.02 
 
 		 230 aa  165  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  44.55 
 
 		 218 aa  164  8e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  45.23 
 
 		 248 aa  158  9e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  46 
 
 		 243 aa  156  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 238 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 226 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 244 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  45.88 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  39.51 
 
 		 214 aa  145  5e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  41.12 
 
 		 223 aa  141  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 227 aa  140  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 221 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  43.72 
 
 		 222 aa  138  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  42.79 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  42.71 
 
 		 223 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 223 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 222 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 218 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  38.83 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  41 
 
 		 222 aa  129  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 240 aa  128  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 222 aa  128  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 244 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 235 aa  125  7e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  38.46 
 
 		 212 aa  124  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  43.27 
 
 		 216 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  39.29 
 
 		 219 aa  122  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 234 aa  122  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 224 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 248 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  35.45 
 
 		 229 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 224 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 216 aa  115  7.999999999999999e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  37.24 
 
 		 230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  34.92 
 
 		 229 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  43.27 
 
 		 224 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 211 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  36.73 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 235 aa  109  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  41.11 
 
 		 274 aa  109  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 275 aa  108  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  36.87 
 
 		 232 aa  107  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  36.73 
 
 		 225 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 222 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  106  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  35.03 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  35.15 
 
 		 241 aa  106  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  33.5 
 
 		 224 aa  106  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  40.56 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 226 aa  105  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 227 aa  105  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 211 aa  105  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 226 aa  105  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 234 aa  105  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 251 aa  105  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 221 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 223 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 229 aa  105  9e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 253 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>