More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3878 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 229 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  98.69 
 
 		 229 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  73.62 
 
 		 235 aa  358  3e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  73.49 
 
 		 235 aa  339  2e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 234 aa  338  2.9999999999999998e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  67.43 
 
 		 226 aa  315  3e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  64.49 
 
 		 229 aa  285  5e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 232 aa  146  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 235 aa  145  7.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.62 
 
 		 237 aa  143  3e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  35.89 
 
 		 233 aa  142  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  35.51 
 
 		 231 aa  138  7.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  38.12 
 
 		 212 aa  135  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 232 aa  132  5e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 212 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 223 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  34.59 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 223 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  36.81 
 
 		 228 aa  126  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 232 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 227 aa  124  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 230 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 223 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  123  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 219 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 223 aa  122  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 222 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 220 aa  122  6e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 223 aa  122  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 223 aa  121  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  37.02 
 
 		 237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 250 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 250 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 227 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 233 aa  117  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  34.11 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 241 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  34.65 
 
 		 237 aa  115  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 240 aa  116  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 231 aa  115  6e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 232 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 254 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 255 aa  114  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  35.98 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2481  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 234 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  35.08 
 
 		 226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  35.92 
 
 		 240 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  35.92 
 
 		 240 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 266 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 250 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 248 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  31.18 
 
 		 269 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 256 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  33.89 
 
 		 219 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 222 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 234 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 240 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 219 aa  111  8.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 235 aa  111  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 238 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 238 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 238 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  31.55 
 
 		 250 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  32.61 
 
 		 230 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  34.34 
 
 		 240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  32.61 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 244 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 222 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  30.57 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  33.7 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 221 aa  108  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 241 aa  108  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 230 aa  108  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 242 aa  108  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 223 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  108  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 226 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>